PyMol的使用

简单的记录一下pymol的使用，就当是今天的笔记了。

首先下载和安装的过程就一笔带过了

首先演示用pymol打开一个.pdb文件

这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件

用记事本打开就是如下图所示

点击pymol的file->open

然后在弹出的窗口选择我们要使用的pdb文件

然后点击打开

现在就是成功打开了这个pdb文件对应的蛋白质的结构

如果想知道该蛋白质的序列(sequence)

则点击：

就会出现蛋白序列

我们可以往后滑 就可以看到完整的序列

DMS 就是杂原子(不是唯一性的配体)

V1B就是配体

0就是水

那么我们接下来继续使用pymol制作一张图片

首先去掉水分子和杂原子 并且背景色设置为白色

一次选中 1 2 3 然后就会在pymol的右侧发现有sele这个对象

sele代表了select 也就是我们选中的区域

sele的右边还有五个按钮

分别是A S H L C他们分别代表了：

所以我们现在要用的是A按钮 也就是删除 我们选中的原子

看到remove atoms 点击

然后就会删除成功

然后就是背景色变为白色

我们只需要输入指令：

bg white

然后点击回车

会发现背景已经成了白色的了

并且还需要取出景深效果，我们只需要滚动鼠标的滑轮就可以取消这个效果。

如果不取消的话 结构可能是这样显示的

如果取消了的话

就会显示的很完整

接下来我们调整配色

没错需要用到C按钮了

选择我们的序列

一直选到受体之前的序列 然后右侧出现了sele对象

然后点击C按钮 选择颜色

然后我们再次选择配体

然后点击C

选择一个不同的颜色

下一步再次选择我们的配体，选择rename

出现这样的页面：

然后删除这几个字母 输入我们想自定义的名称

这里我输入lig

然后点击回车

可以观察到右面 我们已经重命名成功

下面输入命令

select 5A,byres lig around 5

然后敲击回车键

就会看到右侧有一个5A的对象

让我们修改5A的展示方式 也就是需要点击S按钮 s means show

选择surface

然后再次选择合适的颜色

我们要的效果就有了

然后再次输入命令：

ray 1000,1000

就可以得到一张好看的蛋白质受体图

再次点击file->export image->as png

就可以当做png格式导出图片了