SNP在染色体上的分布图怎么做？代码搞定
大家好，我是飞哥，今天星球内有人问SNP密度图的绘制，今天分享一篇博客，介绍一下这种图的绘制方法。
本文绘制这种图：
每个SNP在染色体上的分布图，也称为SNP密度图，不同的颜色表示1Mb内包含的SNP个数。
用到的R包CMplot
安装方法：
install.packages("CMplot")
数据格式
plink的map格式：
1 1_320344 0 320344
1 1_342499 0 342499
1 1_509942 0 509942
1 1_538165 0 538165
1 1_565638 0 565638
1 1_612572 0 612572
1 1_722644 0 722644
1 1_791066 0 791066
1 1_813662 0 813662
1 1_865366 0 865366
也可以只包括三列数据：
- 染色体
- SNP名称
- 物理位置
代码
library(data.table)
library(CMplot)
map1 = fread("re1.map",header = F)
head(map1)
mm = map1 %>% dplyr::select(SNP = 2,Chromosome=1,Position = 4)
head(mm)
CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE)
CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=FALSE, verbose=TRUE)
结果
很简单有没有！！！
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原始发表：2022-09-02，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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