Biopython是Python的最大,最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。它由Chapman和Chang开发,主要使用Python编写。它还包含C代码,以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows,Linux,Mac OS X等操作系统上运行。
基本上,Biopython是python模块的集合,这些模块提供处理DNA,RNA和蛋白质序列操作的功能,例如DNA字符串的反向互补,寻找蛋白质序列中的基序等。它提供了很多解析器,可以读取所有主要的遗传数据库 如GenBank,SwissPort,FASTA等,以及在python环境中运行其他流行的生物信息学软件/工具(如NCBI BLASTN,Entrez等)的包装程序/接口。它具有兄弟项目,例如:BioPerl,BioJava和BioRuby。
官网:https://biopython.org/
(1). 特征
Biopython是可移植的,清晰的并且具有易于学习的语法。下面列出了一些突出的功能 -
Biopython的目标是通过python语言提供对生物信息学的简单,标准和广泛的访问。下面列出了Biopython的特定目标 -
Biopython只需很少的代码,并具有以下优点 -
Tree-View
类型的文件。让我们来看看一些用例(种群遗传学,RNA结构等),并尝试了解Biopython在该领域如何发挥重要作用:
人口遗传学
种群遗传学是对种群内遗传变异的研究,涉及对种群中基因和等位基因频率随时间和空间变化的检查和建模。Biopython提供了用于种群遗传学的Bio.PopGen
模块。该模块包含收集经典种群遗传学信息的所有必要功能。
RNA结构DNA,RNA和蛋白质是我们生活中必不可少的三个主要生物大分子。蛋白质是细胞的主力军,并作为酶发挥重要作用。DNA(脱氧核糖核酸)被认为是细胞的“蓝图”。它携带了细胞生长,吸收营养和繁殖所需的所有遗传信息。RNA(核糖核酸)在细胞中充当“ DNA影印件”。
Biopython提供了Bio.Sequence
对象,这些对象代表核苷酸,DNA和RNA的构建基块。
//更多请阅读:https://www.yiibai.com/biopython/biopython_introduction.html
pip install biopython
安装成功
PS F:\gitHub\note> pip install biopython
Collecting biopython
Downloading biopython-1.80-cp310-cp310-win_amd64.whl (2.7 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 2.7/2.7 MB 2.8 MB/s eta 0:00:00
Collecting numpy
Downloading numpy-1.23.5-cp310-cp310-win_amd64.whl (14.6 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 14.6/14.6 MB 7.2 MB/s eta 0:00:00
Installing collected packages: numpy, biopython
Successfully installed biopython-1.80 numpy-1.23.5
PS F:\gitHub\note>
import Bio
print(Bio.__version__)
help(Bio)
NAME
Bio - Collection of modules for dealing with biological data in Python.
DESCRIPTION
The Biopython Project is an international association of developers
of freely available Python tools for computational molecular biology.
https://biopython.org
PACKAGE CONTENTS
Affy (package)
Align (package)
AlignIO (package)
Alphabet (package)
Application (package)
Blast (package)
CAPS (package)
Cluster (package)
Compass (package)
Data (package)
Emboss (package)
Entrez (package)
ExPASy (package)
File
GenBank (package)
Geo (package)
Graphics (package)
HMM (package)
KEGG (package)
LogisticRegression
MarkovModel
MaxEntropy
Medline (package)
NMR (package)
NaiveBayes
Nexus (package)
PDB (package)
-- More --
pip install biopython –-upgrade
本文分享自 MedBioInfoCloud 微信公众号,前往查看
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