最近在运行GEOquery包中的getGEO函数读取series_matrix.txt文件的时候报了如下错误。
从报错的具体信息来看,应该说的是链接缓存131072不够大。
# Error: The size of the connection buffer (131072) was not large enough
# to fit a complete line:
# * Increase it by setting `Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")`
并且还给出了解决方案,让我们通过Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")来将这个缓存设置的大一些。通过一些尝试,最后终于能顺利的将series_matrix.txt读入到R里,下面就将具体的解决方案分享给大家。
Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=131072*6)
或者更简单粗暴一些,将这个值设置的很大
Sys.setenv ("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)
然后再去运行前面的getGEO函数就没有问题了。
如果对GEO数据库还不太了解的小伙伴,可以参考我们前面的一些视频讲解和干货文章。