如何在Rstudio中使用Python？

生信real

发布于 2022-12-20 09:31:10

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发布于 2022-12-20 09:31:10

文章被收录于专栏：Linux基础入门Linux基础入门

0. 前言

❝Rstudio既支持R又能支持Python，同时Rstudio的服务器版本也可以直接使用Linux。对于生物信息工作者来说，Rstudio是一个非常不错的集成开发环境。所以本期就来介绍一下如何在Rstudio中使用Python。 ❞

1. 软件安装

依次安装Anaconda/Python、R、Rstudio。

安装方法点击下方蓝色字体即可跳转到相关教程。

Anaconda：https://www.anaconda.com/（此处请留意安装路径）

R：https://www.r-project.org/

Rstudio：https://posit.co/

2. Rstudio配置Python环境

2.1 安装加载reticulate包

# 安装包
install.packages("reticulate")
# 加载包
library(reticulate)

2.2 配置Python环境

reticulate安装时会推荐安装Miniconda和Python，但是不方便管理。在这里更推荐使用前面下载的Anaconda。

使用use_python()指定python版本。

use_python("D:/anaconda/python.exe")

2.3 检查配置情况

重启Rstudio，输入reticulate::py_config()查看配置路径；

当返回结果的路径和上一步配置路径一致时说明配置成功。

# 检查配置情况
reticulate::py_config()
# 返回结果
python:         D:/anaconda/python.exe
libpython:      D:/anaconda/python39.dll
pythonhome:     D:/anaconda
version:        3.9.13 (main, Aug 25 2022, 23:51:50) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          D:/anaconda/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.21.5

NOTE: Python version was forced by use_python function

2.4 Rstudio中使用Python

在命令行输入reticulate::repl_python()进行切换环境；

当>变成>>>说明成功切换到Python运行环境。

> reticulate::repl_python()
Python 3.9.13 (D:/anaconda/python.exe)
Reticulate 1.26 REPL -- A Python interpreter in R.
Enter 'exit' or 'quit' to exit the REPL and return to R.
>>>

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原始发表：2022-11-04，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

anaconda