[JCIM | 论文简读] Chemspace Atlas：用于药物发现的多尺度大型化学数据库

简读分享 | 庞超 编辑 | 李仲深

论文题目

Chemspace Atlas: Multiscale Chemography of Ultralarge Libraries for Drug Discovery

论文摘要

如今，药物的发现不可避免地要使用包含大量化合物的数据库。了解它们的化学组成和物理化学性质对于靶点识别至关重要。高效的多功能工具可以对不断增长的化学库进行多方面分析，但它们必须配合大量数据使用。在这里，作者公开了可以免费访问的Chemspace Atlas，其中包括近4万个分层次的生成式拓扑映射（GTM），可容纳多达5亿的化合物，包括类片段、类先导化合物、类药物、类PPI和类NP的化学子空间。它们允许用户从不同尺度上的多个角度寻找和分析ZINC、ChEMBL和COCONUT：从整个数据库的总览到小集群中的结构模式检测。大约有20种物理化学性质和近750种生物活性可被可视化，支持活性图谱分析和模拟搜索。此外，Chemspace Atlas以后将扩展新的化学子空间（如DNA编码文库和合成子）和官能团。

论文链接

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.2c00509

数据库链接

https://chematlas.chimie.unistra.fr