简读分享 | 庞超 编辑 | 陈兴民
论文题目
Dynamic undocking and the quasi-bound state as tools for drug discovery
论文摘要
目前的药物发现领域迫切需要一种能够提高有效性和效率的新技术。基于结构的方法较为有用,但它们只能预测蛋白质-配体复合物的结合亲和力。作者采用了另一种方法来评估结构稳定性,而不是热力学稳定性。由于生物活性分子呈现一种静态结合模式,作者设计了动态接触对接方法(DUck),这是一种快速计算方法用来计算达到准结合状态所需的工作,在该状态下,配体刚刚解开了与受体最重要的天然接触。这种非平衡特性在虚拟筛选中非常有效。值得注意的是,DUck与分子对接和其他“热力学”方法呈正交关系。作者在文中展示了对接-解除对接结合的方法在针对肿瘤靶点Hsp90的片段筛选中的潜力。
论文链接
https://www.nature.com/articles/nchem.2660
代码链接
www.ub.edu/bl/undocking