[Nucleic Acids Research | 论文简读] 基于大规模数据整合的单细胞基因调控网络推理算法

简读分享 | 崔雅轩 编辑 | 李仲深

论文题目

Single-cell gene regulation network inference by large-scale data integration

论文摘要

单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）已被证明是在单细胞水平上研究基因调控的一种最先进的方法。然而，现有的方法并不能精确地揭示单细胞中转录调控因子（TRs）的细胞类型特异性结合，并构建基因调控网络（GRNs）。在过去的几十年里，ChIPseq被广泛用于分析TR结合位点。在这里，作者开发了SCRIP，一种基于scATACseq和TR ChIP-seq来整合推断单细胞TR活性的整合方法。与现有的基于motif的方法相比，作者的方法在评估TR结合活性方面表现出了更好的性能。

论文链接

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac819/6717821?login=false