跟着Nature Communications学作图：R语言ggtree绘制进化树

用户7010445

发布于 2023-01-06 18:52:35

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发布于 2023-01-06 18:52:35

文章被收录于专栏：小明的数据分析笔记本

论文

A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants

https://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w

本地pdf s41467-022-31113-w.pdf

数据代码链接

https://github.com/PlantNutrition/Liyu

今天的推文我们重复一下论文中的Figure4c的左侧的进化树，右侧的注释信息添加单独出一篇推文介绍

image.png

论文中提供的代码写到作图用到的是ITOL,所有的图都用ggplot2系列的包来做的话，后续拼图就会省去很多麻烦，这里介绍一下用ggtree如何实现这个图

image.png

首先是进化树文件

论文中提供的数据我没有找到书文件，有用来建树的fasta文件，论文中构建进化树的方法我也暂时没看懂，这里我用最简单的方式获取树文件，mafft比对，然后iqtree建树（这个方法不一定对）

mafft otus_0.01.fa > otus_0.01_aligend.fa
iqtree -s otus_0.01_aligend.fa

最基本的进化树展示

library(ggtree)
library(treeio)

tree<-read.tree("data/20220626/otus_0.01_aligend.fa.treefile")
ggtree(tree)+
  geom_tiplab(align = TRUE)+
  xlim(NA,2)

image.png

这个树文件和论文中的不一样

添加背景颜色

这里我就随便添加了

首先是通过ggplot2的语法获取图中文字的坐标

library(ggplot2)
library(tidyverse)

ggplot_build(p)$data[[4]] %>%
  arrange(desc(y))

然后使用annotate()函数添加背景颜色，这里正常使用geom_rect()函数应该也可以，但是不知道为什么调节透明度的参数alpha不起作用

ggtree(tree)+
  xlim(NA,2.2)+
  annotate(geom="rect",
           xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=46.5,ymax=70.5,
           fill="red",
           alpha=0.5)+
  annotate(geom="rect",
           xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=46.5,ymax=21.5,
           fill="blue",
           alpha=0.5)+
  annotate(geom="rect",
           xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=0.5,ymax=21.5,
           fill="green",
           alpha=0.5)+
  geom_tiplab(align = TRUE)