生信学习小组Day 3-Linux环境下的软件安装

1.了解conda

• conda是一款方便快捷的软件下载器。作用就相当于App store，能搜到90%以上的软件，一键安装。而日常生信我们使用Miniconda即可。

学习Linux一定要抛弃图形界面的思维！Linux命令行中没有图形，没有窗口，没有双击，有的只是代码～可能一开始你会不习惯，心想打字怎么能比点鼠标还方便呢？这也很正常，我们都是从windows的图形界面过来的，因此这是第一道需要你跨越的鸿沟，要相信，用了Linux和R语言(后面花花会讲)处理数据，就再也回不去鼠标点点点的时代了。---微信公众号 生信星球

2.下载miniconda

1. 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（conda的镜像网站）
2. 查看自身Linux位数（输入命令uname -a）
3. 安装最新版本
4. 复制下载链接地址
5. wegt 链接地址即可下载

3.安装和配制miniconda

1. 命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 按“Enter”或“yes”跳过
3. 看到下图示意安装成功

image.png

4.激活conda（source ~/.bashrc）

5.添加镜像（镜像网站就相当于主网站的副本，conda主体在国外，因而在国内下载速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。）

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4.使用miniconda（以fastqc为例）

1. 查看安装的所有软件列表（输入命令conda list）
2. 安装软件fastqc（输入命令conda install fastqc -y）
3. 用命令fastqc --help确认软件是否安装成功
4. 卸载软件（输入命令conda remove fastqc -y）