学习小组笔记Day3-蘑菇

linux环境下的软件安装

工具名称：conda（相当于Linux的软件商店）

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一、安装miniconda方法

1.百度/谷歌搜索“miniconda 清华

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2.进入：

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

（直接在浏览器网址界面输入粘贴就行）

3.查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

（在Linux云服务器xshell输入uname-a）会得到如图

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4.安装最新版本（latest）

5.右键-复制下载链接

6.登陆服务器，进入biosoft目录：cd ~/biosoft

7.wget 粘贴下载链接

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（注意应复制Linux的链接。因为云服务器是Linux环境，不应该复制电脑本身的Windows系统链接）

8.激活

source ~/.bashrc来激活conda

命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

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!!!!9.添加镜像：

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

conda也是舶来品，之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像，又经历了改用官方镜像的尴尬，但后来又传来了好消息，清华源重启。

Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键

Mac用户比较方便，可以直接cmd+c复制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘贴

使用中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

二、使用conda的一些指令

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

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2. 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes

3.确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功