生信星球学习day6-毽子

新手攻略：

（1）R的赋值符号不是等号，而是<- （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行  （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 （4）显示工作路径 getwd() （5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中改名叫数据框^_^ （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。 （8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）

--生信星球

part1：向量

元素包括：数字或者字符串（用chr表示）等

标量：一个元素组成的变量

向量：多个元素组成的变量

赋值
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

提取元素

按照位置选取

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改

x[4] #x第4个元素

x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素

x[2:4]#第2到4个元素

x[-(2:4)]#除了第2-4个元素

x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据逻辑值

x[x==10]#等于10的元素

x[x<0]

x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

Part2：数据框

1.创建doudou.txt

2建立示例数据：

X1,X2

A,1

B,

C,

D,3

E,

3.将示例数据放在你的工作目录下（！！！重要）

记得一定要放在工作目录里，否则报错。

用以下命令即可获得示例数据框：

X<-read.csv('doudou.txt')

（1）读取本地数据

（2）设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框

colnames(X) #查看列名

rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改

X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

ps：（其实我们这个数据框并不需要改，如果你已经改了，知道怎么撤销吗？用刚才的read.table命令重新赋值一遍就可以覆盖掉你刚才改瞎的了。这也就是变量为什么叫"变"量）

嗯。我故意写了个大写的X，就是告诉你一下大小写是严格区分的，耶。

3）数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

（4）变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量

save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量

load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

（5）提取元素

- X[x,y]#第x行第y列

- X[x,]#第x行

- X[,y]#第y列

- X[y] #也是第y列

- X[a:b]#第a列到第b列

- X[c(a,b)]#第a列和第b列

- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

（6）直接使用数据框中的变量

新建一个脚本

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)

把此代码复制进去

保存.(后缀为.R）

save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？

重新给X赋值?

或者判断x的大小写