学习小组笔记Day5-蘑菇

数据结构

！！！！注意事项

（1）R的赋值符号不是等号，而是<- （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行

（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 （4）显示工作路径 getwd()

（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中改名叫数据框^_^

（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）

向量（vector）👈重要

矩阵（Matrix）

数组（Array）

数据框（Data frame）👈重要

List ————————生信星球公众号

1.向量

一些概念

元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词： 标量：一个元素组成的变量

向量：多个元素组成的变量 （补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）

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——————生信星球公众号

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——————《R语言实战2》

基本的赋值指令

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。 x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数

x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数 —————生信星球公众号

！！！（注意是逗号不是分号）

x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次 ————生信星球公众号

！！！seq是‘' , '' rep是'' : ''

'' , ''是几和几，'' : ''是几到几

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2.从向量中提取元素

（1）根据元素位置

x[2] #x第2个元素

x[-2] #排除法，除了第2个元素之外剩余的元素

x[2:4] #第2到4个元素

x[-(2:4)] #除了第2-4个元素

x[c(1,3)] #第1个和第3个元素

!!!根据元素位置赋值，则x后面无需加赋值符号，直接加中括号即可

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（2）根据值

x[x==10] #等于10的元素

x[x<0]

x[x %in% c(1,2,5)] #存在于向量c（1，2，5）中的元素

3.数据框

将示例数据放在你的工作目录下（！！！重要）

!!!如何将TXT文件导入工作目录： Rstudio中运行x=read.table(file.choose())，注：括号里不用加任何东西，然后在跳出的文件中选择所需文件

示例数据是如何获得的？ （1）新建doudou.txt（记事本即可新建），输入以下

X1,X2

A,1

B, C,

D,3 E,

截图中显示的NA表示空值，所以空着就好。

将示例数据txt放在工作目录下后， 用以下命令即可获得示例数据框： X<-read.csv('doudou.txt')

读取本地数据

read.table(file"mingzi",sep="\t",header=T)

a<-read.table(file="huahua.txt"sep="\t",header=T)

!!!sep为文件中的字段分隔符，!!!要和seq区分开；header为逻辑关系 T或者F（所代入excel数据，第一行是否用作列名称。true则excel第一行用于列名称，具体数据从第二行开始，false则第一行即为具体数据）

（2）设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框

!!!csv含义：

在 R 语言中，我们可以从存储在 R 语言环境外的文件中读取数据。 我们还可以将数据写入将被操作系统存储和访问的文件。 R 语言可以读取和写入各种文件格式，如csv，excel，xml等。。csv 文件是一个文本文件 ————W3Cschool

colnames(X) #查看列名

rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

colnames(X)

1<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改

X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

（3）数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

（4）变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData") #保存当前所有变量

save(X,file="test.RData") #保存其中一个变量

load("test.RData") #再次使用RData时的加载命令

（5）提取元素

• X [x,y] #第x行第y列
• X[x,] #第x行
• X[,y] #第y列
• X[y] #也是第y列
• X[a:b] #第a列到第b列
• X[c(a,b)] #第a列和第b列
• X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）