小Tips||手把手教你读文献（实例）

写在前面

最近忙于做实验，经常在逸夫楼一待就是一天，测出来的东西也是稀奇古怪的，难以摸透，因此Linux和Python的推文可能会晚一点；不过，我最近有看一个Machine learning的课程，是国立台湾大学李宏毅教授开设的课程，讲解的非常清楚，非常适合我这种新手小白，而且课程是公开的，中文版本是他自己讲解的，英文版本是他们自己搞的机器英文配音（我用自己的课程给自己的课程配了音），课程B站就可以搜到。

放上李宏毅教授的个人主页

https://speech.ee.ntu.edu.tw/~hylee/index.html

正文

今天要给大家分享的是我阅读英文文献的流程（个人习惯），顺便完成分子植物病理作业岂不美哉。

首先我们拿到这样一篇文献

01

查影响影子

首先我们查它的影响因子，这里采用的是Scholarscope（一款网页小插件）。

将文献名或Doi号输入进去（Doi号可以理解为文献的身份证号）

得到该文章的影响因子（9.18），这已经算是病理学里水平非常高的文章了（想要了解在该领域的水平如何，需要平时多关注相关领域），同时还可以得到以下信息：

1. 分区：Q1代表1区，即前百分之五的文章。
2. 期刊：该文献发表在哪，什么时候发表的，在该期刊的多少页
3. 作者和研究机构

除了Scholarscope也可以采用GeenMedical根哥学术进行查询（根哥学术还自带SCI-HUB、论文润色、同类论文查询等多种功能）。

经过查询，我们知道该文章于2020年8月19日被电子发表（ePub，Electronic Publication的缩写，意为：电子出版），于2020年12月正式发表在期刊杂志上。

第一作者是田斌年（华中农业大学农业微生物学国家重点实验室、植物科学技术学院博士研究生），通讯作者是姜道宏老师，这咱就不用多说了，业内杠杠滴，不过质疑精神还是要有，万一推翻了姜老师的结论呢。

02

查研究者

第二步，查研究者。同样是在Schorlarscope的界面，我们可以点击作者的名字查看最新相关文献，也可以前往ResearchGate查询~

不过既然知道了是我院姜老师团队出品，不如去院网一探究竟。

点击院网-科研动态-检索姜道宏-翻到最新

近半年有两篇报道，而我们上面已经知道文章于2020年8月19日处于ePub状态了，对上了~点开就能看到介绍

这些项目也从侧面证明该研究的重要性和可信性。

当然，对于通讯作者的背景（是做什么方向的、拿到了哪些科研项目、最近发表了什么文章），也是需要查询的，我们学校的老师尤其是我们学院的老师都是有完整介绍的，可以通过院网去找到他们的科研项目和发表著作等；对于外校的老师，大多也是可以在对应的机构（研究所或对应院校）找到的，需要注意的是很多课题组都是有自己的门户网站，可参考我们院棉花组以及浙大陈铭老师课题组网站。

03

阅读文献

我在阅读文献的时候，也不会完全看英文，而是采用知云文献翻译结合CNKI翻译助手及各大参考文献共同阅读，在保证论文原意的同时加快阅读速度。

千万不要直接看翻译！！！

千万不要直接看翻译！！！

千万不要直接看翻译！！！

说的是不是你！

很多软件包括大家使用的谷歌、百度、网易有道甚至知云，它的算法都不足以翻译出生物领域的内容，极容易错误的理解文章。比如下面

不过我们通过切换知云翻译的引擎，将翻译错误率尽可能的降低；

对比一下，差距还是非常大的。

当然，切换了引擎翻译仍会经常出错，下图就是机翻和我修正后的翻译

A

看标题和摘要

啪的一下，很快啊，我们结合前面的背景知识，从标题中立马就知道了该研究说的是在双子叶植物中是病原菌的核盘菌，却在谷物类作物中成为内生真菌，还可以保护植物受到其他病菌的侵害；严谨来讲应该是“揭示了世界性死体营养型病原真菌核盘菌可以在小麦、水稻、大麦和玉米等禾本科植物上内生生长，是禾本科植物的互惠性内生真菌，为寻找新型有益微生物资源控制病害提供了新的思路”。

这可改变了大家的常规思维，做病理的（尽管不是做核盘菌的）都知道，核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种世界性分布的典型的死体营养型植物病原真菌，可以寄生75个科400多种植物，自1837年描述以来一直都是以毁灭性病原菌的面目出现，由其引起的菌核病是油菜上的首要病害，对油菜造成巨大的经济损失。

我看文献的时候，都会习惯性的在上面做一些标注（小何师兄培养的好！），也会有一些不常见单词的注释。从摘要中我们就能读出三点内容：

1. 背景：我们为啥做这个
2. 结论：简要的告诉你我发现了啥
3. 工作：我们做了啥（其中也包含一些小结论）

B

Introduction & Materials and methods

Introduction多包含一些综述性内容，前人在该领域做了什么东西，什么研究还不够完善，因此我们做了这些东西，如果不是特别重要的论文，个人觉得粗略过一下即可。

Materials and methods板块，个人觉得如果不去重复或者借鉴作者的操作，该部分可以省略；但如果是为了去进一步研究或者去理解图表，那该部分就要仔细看了。

C

看小标题

小标题能够让你以最快的速度知道方法和结论，但小标题的最大缺点就在于其“小”，内容简练易懂，需要视情况判断是否要仔细看。

在这里我看了第一部分即材料，得到了以下结论：

1. DT-8是从油菜病害菌核中分离出来的核盘菌；
2. DT-8VF株为强毒株，是DT-8的脱毒衍生物；
3. 菌株DT-8VFRFP是DT-8VF经DNA转化标记mCherry荧光团的衍生物，毒力正常；
4. 小麦赤霉病病原菌禾谷镰刀菌PH-1菌株；
5. 核盘菌强毒株EP-1PNA367和三个弱毒株AH98、SCH941和T1-1-20；

综上，这里主要讲的就是采用了哪些菌株，做了怎样的处理，毒力咋样。

（生活所迫，为了了解研究的具体工作我就列了一个思维导图方便理清结构）

D

根据Results看图和表

由于很多期刊对正文的内容有限制，所以不能把所有研究都放在上面，除去主要研究，一些次要但不可或缺的常常放在补充部分。

要最快知道该研究做了哪些工作的方法就是看图。

为什么要先去看图？对于刚接触文献的人来说，很多图都是看不懂的，我也是看了很多文献才慢慢积累了一点点皮毛，仍然有很多看不懂，但如果你有了积累以后，看文献速度就能大大提升，因为图往往能直接体现研究者的工作和结果。

看不懂没关系，下面不还有注释给你解析

啥啥啥？这注释写了个啥？

我们从注释中可以知道采用了菌株DT-8VFRFP(菌株)以及小麦胚芽凝集素(WG,wheat germ agglutinin，一种生物素标记物)进行标记。

别着急！既然注释里没提到，那我们去别的地方定位一下，可以通过Ctrl+F直接检索，因为图表都是Fig.或者Table，很好找，也可以大致扫一遍文章。

这不就好起来了吗？

这样我们就知道了图1a是mCherry荧光标记（我也不知道这是个啥方法，不过荧光标记的原理和作用大致相同），在这里是通过荧光来检测菌丝是否可以跑到小麦细胞里去。

另外我们可以延伸一下 如何去设计一个实验来判断一个传统认知中的气传病害是否是土传病害呢

至于Fig. a2中的Bright 和Merged 分别是啥呢？

我也不知道,

不过这怎么会难倒21世纪的新青年!

经过查询我们可以得到：

1. 实验采用了激光共聚焦技术；
2. Bright代表透射光下细胞
3. Merged代表发射和投射光下的细胞
4. 发射光下的细胞图去哪了？（质疑）

Fig. b证明了菌核确确实实存在于小麦细胞中，而且根据箭头我们可以确定它们的位置。

Fig. c1-4则是说明菌丝在根细胞间隙和细胞内的分布和大小，而未接种小麦的根细胞和胞间均未观察到菌丝(补充图)，这些观察结果支持核盘菌在小麦根系中可以作为内生真菌生长。c5-6及补充图说明不同毒力菌株均可侵染小麦。（这里都需要结合Results部分去看）由此，菌核菌在小麦根系上的内生生长不依赖于菌株，也不依赖于对敏感寄主的完全毒力。

为了了解核盘菌对小麦生长的可能影响，选择在温室和大田进行培养。

总的来说，在温室中，DT-8VF和DT-8都比未处理的长得好(a-f)。

对于田间试验，DT-8处理的小麦生长明显好于未处理的小麦(g-m)。特别是千粒重显著增加(m)。

另外，其他测试菌株，无论是致病菌株还是真菌病毒介导的失活菌株，也能促进小麦生长(补充图)。因此，我们得出结论，对菌核菌来说，无论是致病菌株还是非致病菌株，都具有促进小麦生长、提高小麦产量的潜力。

在不同的栽培条件下进行的三个季节的田间试验

可以得出结论：核盘菌在多个地点的自然耕作条件下都能显著提高小麦产量。

接着，该研究又多次进行盆栽试验和田间试验，以研究内生核盘菌能否提高小麦对多种病害的抗性。

a图和c图表明，在盆栽试验中，处理后的植株病状明显轻于CK。

而在田间试验中，差异则更加显著

但需要注意的是，通过测定小穗中DON（真菌毒素）的含量，发现处理与对照无显著差异。

尽管如此，由于受感染的籽粒百分率显著降低，菌株DT-8显然提供了显著的潜力来减少DON(真菌毒素)在散装小麦籽粒中的积累。

不过为什么呢？我们都知道毒素是病原菌致病的主要原因之一，因此这里的机制还需要进一步深入研究。

为了进一步评估抗性，又进行了生长和产量的评估

结果表明，处理后的小麦小穗侵染率和病情指数都显著小于CK组。

研究又对小麦条锈病抗性进行了田间试验

田间调查表明，菌株DT-8显著提高了小麦对条锈病的抗性。

对于稻瘟菌来说，经核盘菌处理的大麦和水稻都表现出很强的抗性。

04

Discussion

在这个部分，通常会再说一遍研究得出了什么样的结论，这个部分之前已经清楚了，过一下即可。另外，该部分还包括我们的研究有什么用、对一些尚不明晰机制的推测、对自己研究的反思（我还有啥不足）以及其他研究者还可以做些什么，这对于开拓思维很有作用。

比如这里就说到，弱致病菌株和强病菌株都可以在小麦上生存，没有明显的差异，这表明核盘菌很可能通过未知的机制进入小麦和其他粮食作物，或者可能是致病因子，如草酸、植物细胞壁降解酶或效应型蛋白，这些因子在它们的双子叶寄主中具有，而在小麦和其他粮食作物中不存在的不可识别的靶标。

这里也提到，研究为大家提供了一种新思路，同时也表达出自己的担忧：在敏感寄主作物也广泛种植的地区，如果直接将菌核菌强毒株应用于麦田，存在潜在的风险。

为了降低这种风险，研究者采用了不能在田间其他敏感的寄主作物上引发任何疾病的由真菌病毒介导的菌株。由此也提出了具有应用前景的想法——在田间部署由真菌病毒介导的弱致病菌株。

但该想法存在技术瓶颈：如何将真菌病毒释放到田间，特别是那些难以克服寄主营养不亲和性的病毒？

当然，既然本研究发现致病菌可以是内生益菌，那么一些健康植物的内生菌在某些情况下是否可能是其他植物的破坏性病原物呢？（发文章的好机会！）

05

参考文献和相关文献

对于一篇需要精读的文献，你常常需要了解整个领域的前沿以及发展情况，所以仅仅通过该文献Introduction部分的综述部分是远远不够的，因此我们需要找到该领域的其他研究进行研读。

这里不做示例，但提供方法。

我们可以通过GeenMedical根哥学术、知网、Pubmed等查询相似文献，像知网还具有文章引用的一些小分析，看个人喜好选择。

05

创新点和不足

找到创新点和不足是我觉得读一篇文献最重要的地方，也是你学习最快的方法，一旦找到了创新点和不足，说明你渐渐开始理解这篇文章。但是想要找到创新点和不足，也需要深入了解该领域的其他研究。

对于本研究

创新点：

1. 改变了大众对于核盘菌是致病菌的认知，提出一些健康植物的内生菌在某些情况下可能是其他植物物种的破坏性病原体；
2. 揭示了核盘菌在小麦穗部的抗病相关过程；
3. “分裂营养型”概念的提出；
4. 揭示了分裂营养型微生物能在自然界广泛存在，很多植物的病原真菌也极有可能是潜在的促进植物生长抗病的有益微生物，为挖掘植物有益微生物资源提供了新的思路；
5. 发现了一种新型生物防治思路。

不足：

1. 尽管该研究证明了作物轮作是一种重要的减轻病害发生的措施，但是需要更加科学地评估前茬作物的病原菌与轮作作物之间的关系；
2. 核盘菌对谷类和双子叶植物的分裂营养作用的机制尚不清楚；

总结

写这篇推文真的挺不容易，之前打算出一个查文献的推文，现在难产了。一是因为我平时用的数据库很多，不只局限于各个期刊官网、Pubmed、知网、百度学术等，也包括图书馆的很多数据库、老师、知乎、科研通（AbleSci.com）等等，如果把所有东西都放上来，太多太多了，不过我多多少少会提一下，大家感兴趣的都可以去研究一下。二是对于一个每周都有的阅读作业来说，我不想花费特别多精力在上面，找到该文献的创新点以及你认为的不足之处就好。

读文献搞这么多花里胡哨的，说到底还是想用最少的时间得到最多想要的东西，工具再怎么更替升级也不如自己英语好来的实在，因此在看文献的时候也要多关注你所在领域的高频词，反复看反复查，就算你不会拼写，至少你再看到的时候能读懂意思，这就达到了效果~‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

所谓搞研究写论文，其实就是想要讲好一个故事，仔细思考一下，如果是你，你会怎样讲好这个故事？

以上就是我想讲的故事！

如果大家对其他东西感兴趣但觉得心有余而力不足，欢迎发给我一起研究~或许感兴趣就写出来了呢！

PS：在图书馆写推文真是令人神清气爽心旷神怡~