QIIME和USEARCH的安装

QIIME

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，2016年起北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授开发了QIIME2。

2019年6月，Nature Milestones 推出专刊，详解人类菌群研究历史上的25个重大里程碑，其中在2010年，以QIIME软件为代表的的“菌群生态学定量分析”方法，使对菌群测序产生的海量数据进行分析及解释成为可能。

QIIME 2是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台，强调数据分析透明。QIIME 2可以使研究者从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。

主要特点：

• 整合分析流程、自动化追踪数据来源
• 语义类型系统，自动识别输入文件类型
• 插件系统可扩展微生物分析功能种类
• 支持多种用户界面，如API、命令行、图形界面

我尝试用conda来安装qiime2失败了，只能安装qiime

找到QIIME的官方安装帮助文档，一句命令就搞定了，但还是安装的qiime

conda create -n 16S python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

安装完成后，我以为qiime会和常规软件一样通过【软件名 --help】来判断是否安装完成，但一直显示找不到qiime，询问建团师兄后才知道qiime并不算是一个软件，可以通过它的Scripts来判断是否安装完成。

Scripts

add_alpha_to_mapping_file.py

USEARCH

USEARCH是最好用的扩增子分析流程，在体积仅1 MB的软件中实现了近200种扩增子分析常用功能，安装方便且运行速度快。截止2020年11月26日，Google学术统计引用9,835次。

它的官网emmm相当简朴

USEARCH官网

主要特点：

• 体积小巧
• 安装方便
• 运行速度快
• 跨平台

如何安装

官网说的很清楚了，个人只能下载32位版本，64位得打钱，买....？？？？有点贵算了算了

我们直接点击32位，下载Linux版本传到服务器即可~

下完就是一个名叫usearch11.0.667_i86linux32.gz的压缩包

需要注意的是，作者有给出安装的建议，在这里我简化一下

1. USEARCH是二进制文件或可执行文件，不需要配置文件或任何外部依赖，没有安装脚本或安装程序。只需要下载到目录下，为了方便记得要重命名
2. 没有图形用户界面
3. 记得添加执行权限
4. 记得修改环境变量

下面请看实操

-rw-rw-r--  1 zwang zwang 1362864 9月  24 14:14  usearch11.0.667_i86linux32.gz
# 解压缩
gunzip usearch11.0.667_i86linux32.gz

# 重命名
mv usearch11.0.667_i86linux32 usearch

# 添加权限 
chmod 755 usearch 

# 添加环境变量
vi .bashrc
export PATH=$PATH:/home/zwang/softwares 
source .bashrc

最后，说到USEARCH，不得不提一下宏基因组这个公众号，宏基因组经USEARCH作者Robert Edgar授权，由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。

刚刚关注的我只能大喊一声：宝藏！

参考资料：

1. https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/114909941
2. http://qiime.org/
3. https://www.drive5.com/usearch/manual/install.html
4. https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/97655726