MultiQC的使用

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今天来讲讲MultiQC这个软件。

https://multiqc.info/

什么是MultiQC

官网的解释是

Aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.MultiQC searches a given directory for analysis logs and compiles a HTML report.

即整合生信分析的结果为一个可视化的HTML（网页）交互式报告。

官网的示例数据

目前支持如Fastp、FastQC、HISAT2、Trimmomatic、STAR、TopHat等111个生物信息学软件，分为Pre-alignment（比对前）、Alignment（比对）和Post-alignment（比对后）三类。

Supported Tools

优点

1. 可以整合多个结果为一个HTML网页交互式报告
2. 支持对大量软件的结果进行处理
3. 支持对多种类型结果的查看

MultiQC的安装

conda install multiqc -y

MultiQC的使用

MultiQC可以对单个/多个目录的结果进行统计，也可以对指定文件/目录以外的文件进行统计。

基本用法: multiqc [OPTIONS] analysis directory

常用Options:

• -f, --force：重写已存在的报告
• -s, --fullnames：保留样本全名
• -n, --filename TEXT：对报告和文件的前缀重命名（后缀为_data和.html）
• -o, --outdir TEXT：指定输出目录
• -l, --file-list：提供文件列表
• -p, --export：将报告中的图导出为静态图
• --pdf：生成PDF报告（需要安装Pandoc）
• --profile-runtime：生成报告花费多少时间

示例

命令执行完毕后会得到一个html报告（可通过浏览器直接打开）和一个multiqc_data文件夹（包含数据基本的统计信息和日志文档）。

multiqc_data

接下来的几期将会依次详细的解读MultiQC对多个软件处理的结果，并收录进话题“MultiQC结果解读”，敬请期待。

点击下方阅读原文即可跳转MultiQC官网~

参考资料：

1. https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7412764.html
2. https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020