生信课程note-1

class-1

一.R 数据＋函数

大于号是命令提示符

sqrt是开方 sqrt(9)

abs是求绝对值abs(-3)=3

R语言中括号里前面的是函数。

ctrl+enter是运行的快捷键。

#是解释说明的意思

文件保存的位置叫工作目录。working directory 即脚本，图片，文件的默认保存位置，也是文件读取的默认位置。

看报错只看最后一个冒号后面的

ctrl加+/-是放大或缩小rstudio界面

getwd()是获取工作目录所在位置

r语言中可能出现的问题：

1.warning啥也不是 语言里百分之99的warning是废话，剩下的百分之一会恶化（产生error，产生意外的结果，如导出的图没有结果）。

2.卡住，太长时间出现红色的键。然后重启，重启分三个等级：1.重启 session-restart 2.关闭rstudio，重新启动 3.重启电脑

3.出现+，代表命令不完整，补全或按ESC键退出，如果不解决，会影响后续的进行。

4.出现提示信息，一片红色，检查是否有error，没有就可以忽略。

5.进一步选择，与计算机互动。必须要互动

二、数据类型和向量

2.1 数据类型

数据类型包括数值型如1，2、字符型（必须加引号如“a”，'m’单双引号都行）、逻辑型（TRUE即T，FALSE即F，NA意思是缺失值 存在但未知）

判断数据类型的函数：class()，将要判断的内容写在括号里

常见报错 :引号，拼写错误，大小写。>class(a) calss class(true) error:unexpected是代码错误的关键词 。

如何避免拼写错误：1.Tab键 打出前几个字母，即出现提示，摁上下键可翻动，摁tab键可自动补全。2.上下键：光标放在>后面，摁向上键，即可修改上一条命令重新运行。

逻辑型数据：比较运算的结果是逻辑值。如>,<,<=,>=,==,!=

==是判断是否相等，！=是判断是否不相等。如3==5 FALSE 3！=4 TRUE

逻辑运算 多个逻辑条件的连接：与&，或|，非！如3<5&4>5 FALSE 3<5|4>5 TRUE !(4>5) TRUE

2.2数值类型的判断和转换

is族函数，判断，返回值是TRUE或FALSE

is.numeric() 是否为数值型数据 is.numeric("a") FALSE

is.logical() 是否逻辑型数据

is.character() 是否字符型数据

as.numeric() 将其他数据类型转换为数值型 > as.numeric("4") 1 4

as.logical() 将其数据类型转换为逻辑型

as.character() 将其数据类型转换为字符型

多个数据如何组织：

数据结构包括4种：向量，数据框，矩阵，列表

数据框约等于表格，约在于之前所见的表格是一个文件，数据框要导出为文件才可以用其他软件打开。每一列只能有一种数据类型。

数据框单独拿出一列叫做向量，视作一个整体。一个向量只能由一种数据类型，可以有重复值。

打开文件乱码怎解决：file-reopen with encoding-UTF-8-ok

2.3向量的生成

（1）用c()逐一放到一起。

c(2,5,6,2,9) 结果 2 5 6 2 9

c("a","f","md","b") 结果 "a" "f" "md" "b"

（2）连续的数字用冒号“：”。

＞1:5 1 2 3 4 5

（3）有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()。

rep("x",times=3) “x""x""x"

seq(from=3,to=21,by=3) 3 6 9 12 15 18 21stu

rnorm(n=3) 生成3个随机数 符合正态分布

（4）通过组合,产生更为复杂的向量。

paste0(rep("x",times=3),1:3) x1 x2 x3

注意：

sort(xx<10) 先取子集

sort(x)x<10 先排序 相当于y=sort(x) yx<0 后一个y与x不对应 所以结果是不正确的

先取子集再sort还是先sort再取子集

运行顺序：有嵌套则先里后外，无嵌套则先左后右

生成1 3 5 7 9和2 4 6 8 10的方法分别是:

(1:10)c(T,F)和(1:10)c(F,T)