从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-2

来自生信技能树

3 文本查看、操作、统计命令

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引自生信技能树

3.1 文件的多种看法

cat 将文件所有的内容输出到屏幕

tac cat倒过来看

head 查看文件头10行

tail 查看文件末尾10行

less "少"看一点

more

3.1.1 cat 命令

cat： Concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕

常见参数：-A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符； -n ##答应所有出行号，-b 参数 仅打印出非空白行行号

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代码$符号表示一行的末尾，相当于回车 标准输出流：一切输出到屏幕上的都是标准输出流

• cat的一个作用，将所有输入都输出出来。输出到标准输出流

cat  readme.txt
cat  -n  readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C			## 这里是按Crtl  C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !

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常见用法 ：

1. cat > file 重定向输入文件，将输入的内容输入到file文件。重定时也可直接生成文件。
2. 重定向相当于一种粗糙的向文件中写入内容，写入的内容无法删除。输入后执行cat，可以输出file中的内容。再次cat > file重定向后，新的输入会覆盖源文件

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引自生信技能树

• 其他：
• zcat可以查看压缩的文本文件 cat 无法打开压缩的文本，zcat 可以查看
• tac逆向查看

3.3.2 head/tail 命令

head  -n  20  Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail  ~/.bashrc
## 查看第20行
head  -n  20  Data/example.fq | tail -1

head/tail -n:查看文件的前/后n行，默认10行

head/tail -5可以直接写简写成行数

cat file | head -n 5查看文件的前5行

| 管道符

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head -n 5 file与上面的代码输出一致

3.3.3 more/less 命令

more逐页查看，空格翻页，回车换行

按Q退出

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less 参数 文件名

less  Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gz

常用参数：

-N：显示行号（大写）

-S: 单行显示（大写）

zless ： 查看压缩文件（less也可以查看，但是可能查不全）

用/keyword查找关键词

n/N：上下浏览关键词

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3.3.4 wc命令

wc: 统计文本

常见参数：

-l 统计行数

-w 统计字符串数

-c 统计字节数

cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc 
wc -l readme.txt

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6：行数；29：字符串；207：字符数

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可同时统计多个文件并进行累加总计

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3.3.5 cut 命令

cut ：文本切割（以文本中的列进行分割）

常见参数：

-d指定分隔符，默认为'/t'（tab键）

-f 输出那几行 （字段 fields）（一定要写的参数，不写报错）

less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5  ##无论写的列的顺序，输出的时候都是按照列数从小到大的顺序输出的
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1 | head ## cut -d可以指定字母为分隔符

3.3.6 sort 命令

sort: 排序

常见参数：

-n : 按照数值从小到大进行排序

-v ：字符串汇中含有数值时，按照数值从小到大排序

-r ：逆向排序

-k：指定按哪一列排序

-t ：指定分隔符

less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S

• sort命令在给数值列排序的时候 要加上-n参数，按照数字大小排列

3.3.6 uniq 命令

uniq : 去除重复行

常见参数：

-c ： 统计每个字符串连续出现的行数

uniq ：比较懒，只能去除相邻的重复行，因此记得要跟sort连用！

less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c

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3.3.7 paste 合并

如果把文件想要上下合并，可以用cat

命令

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paste : 文本合并（左右合并）

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常见参数：

-d ：指定分隔符 默认为“/t”

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以：连接两个文件 -s ：按行合并 ，paste -s单独列可以转置成行

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常见用法：

paste file1 file2

seq 20 | paste - -

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less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2

3.3.8 tr 字符替换

常见用法：

tr '<pre>' '<dest>'

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可以替换字符

常见参数：

-d：删除指定字符

-s：缩减连续重复字符 ##把重复的字符缩减为1个

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使用tab键替换了空格 $ cat readme.txt | tr '[a-z]' '[A-Z]' 将文件中的小写字母都变成大写

cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t' ##回车键是\n
cat readme.txt | tr -d 'e' 

3.3.9 md5 值

md5文件指纹，文件的识别标识，不同的文件的md5值不同，一一对应

md5sum 命令显示文件的md5值

md5sum -c check 检查显示文件的md5值

linu基础学习-2.27.png

检查文件md5值的时候，需要先生成成一个特定格式的md5格式，然后检查