单细胞文献第一站：甲状腺癌

甲状腺癌

[1] 罗晗:甲状腺癌去分化的整合分析研究 (koushare.com)

https://www.koushare.com/video/videodetail/23300

[2] 文献：Characterizing dedifferentiation of thyroid cancer by integrated analysis (nih.gov), IF=14.39

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8318367/

前言

疾病：甲状腺癌

类别：PTC 、ATC

临床特征

研究背景

因此作者从单细胞测序角度，研究PTC到ATC的分子进化轨迹，并确定关键基因

结果

通过scRNA-seq和WES对一名PTC患者的PTC/ATC肿瘤和正常甲状腺组织进行了临床注释。得到46，205个单细胞的转录组，并进行了差异基因表达分析以鉴定簇特异性标记

结果：PTC细胞进一步分为两个主要簇（称为PTC1和PTC2）（图 1B），由差异表达基因 （DEGs） 亚群鉴定，包括 NEAT1、SLC34A2、S100A13 和 MDK (图 1、D 和 E），提示PTC细胞的异质性。

重聚类

为了深入了解PTC向ATC的细胞进展，我们首先将PTC细胞分为

• PTC来源的PTC细胞（pPTC）
• ATC来源的PTC细胞（aPTC）

为了探索不同PTC细胞的不同特征，我们对所有PTC细胞进行了亚聚集分析，并确定了10个亚聚集（图 2B).

结果：大多数aPTC细胞聚集在亚群10（图 2B），PTC2细胞聚集在亚群6（图 6）。因此表明，aPTC细胞是PTC1的一个独特亚群。

细胞轨迹分析

左边框框部分，蓝色为PTC细胞，绿色为ATC细胞，中间夹着着aPTC细胞，证明此细胞在ATC疾病进展发挥重要作用

CNA分析

接下来从这类特殊细胞中找关键基因

aPTC细胞虽然CNA负荷没有很高，但与ATC细胞总体趋势是一样的

确定关键的区段

确定关键的区段。在这区段中，逐渐发展到ATC，并且基因表达量也上升

转录因子分析

因为是整个区段即包含很多基因发生变化，那肯定不是作用于下游某个分子导致结果。猜测是上游类似转录因子的变化，带动下游大幅度改变

锁定了转录因子CREB3L1，证据如下：

免疫组化

ChIP-seq验证下游基因

富集到两个通路和上面单细胞得到的结果吻合

TCGA验证

临床预后效应

最终还是要回到预后效应，看是否能对患者进行精准分层

细胞实验

区分其他癌肿潜力

总结