Linux - 结构化语句及参数扩展

if [ 1 -eq 1 ]  ## 括号和数字之间要有空格
> then
> echo "Welcome"
> else
> echo "***"
> fi

if [ $? -eq 0 ]   ## 判断上一个命令是否执行成功
> then
> touch ok.txt
> fi

if [ -z $1]
> then
> echo "usage: $0 <fq file> > <fa file>"
> exit $E_BADARGS
> fi

if [ ! -f ok.txt ] 
> then
> touch ok.txt
>fi

for i in 1 2 3 4 5
> do
> echo "$i Hi!"
> sleep 3s
> done

for i in {1..10}
> do
> touch file${i} ## 变量建议加花括号
> done

list="CDS exon gene start_codon stop codon transcript UTR"
for i in ${list}
> do
> echo "This feature in ${i}"
> done

ls file*
for i in `ls file*`   ## 反引号最优先执行
> do
> mv ${i} ${i}.txt
> done

ls file* | while read id
> do
> mv ${id} ${id}.txt
> done

ls file* > config
cat config | while read id
> do
> mv ${id} ${id%.txt} ## 减少一段后缀
> done

id=example.test.fq ## 定义变量
echo ${id#*.}  ## 此时输出 test.fq （从头删直到最短的 . 为止）
echo ${id#*e} ## 此时输出 xample.test.fq （从头删直到最短的e为止）
echo ${id##*e} ## 此时输出 st.fq （从头删直到最长的e为止）
echo ${id%.*} ## 此时输出 example.txt （从后往前删直到最短的.为止）
echo ${id%%e*} ## 此时输出  （从后往前删直到最长的e为止）
echo ${id%.*}.fa ## 此时输出 example.test.fa （把example.fq变成example.fa） 

id=Data.tar.gz
echo ${id/ta/xy} ## 输出Daxy.tar.gz
echo ${id//ta/xy} ## 输出Daxy.xyr.gz

id=Data.tar.gz
echo $id ## 输出Data.tar.gz
echo ${#id} ## 输出11 （变量前加 # 输出长度，从0开始一直到10）
echo ${id:3} ## 输出a.tar.gz
echo ${id:3:5} ## 输出a.tar
echo ${id:3:-1} ## 输出a.tar.g

## 用for循环生成SRR1234501.fastq到SRR1234510.fastq的10个空文件
for i in {1..10}
> do 
> touch SRR12345${i}.fastq
> done

## 生成fq2fa.sh处理这些文件的命令
ls *fastq | while read id
> do
> echo "fq2fa.sh ${id} > {id%.*}.fasta"
> done

## 或者
ls *fastq | while read id
> do
> echo "fq2fa.sh ${id} > ${id/fastq/fasta}
> done

id=example
fastqc ~/Data/${id}.fq

## 用if判断$?的是否为0，如果是，输出yes，如果否，输出no
if [ $? -eq 0 ]
> then
> echo "yes"
> else
> echo "no"
> fi

## 生成10个文件，file1-10
for i in {1..10}
> do
> touch file${i}
> done

## 用 while read id 循环，在每个文件中写入一句话
ls file* | while read id
> do
> echo "Hi!" > ${id}
> done