生信 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换
生信 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换
LN生物笔记
发布于 2023-02-23 11:24:38
发布于 2023-02-23 11:24:38
文章被收录于专栏：LN生物笔记
1.安装GPL相应的R包
（1）得到GPL对应R包的名称
不同的GPL进行注释所需要用到的R包是不同的，我们首先要明白我们的GPL应该用什么R包
方法一：通过Bioconductor官网进行检索
去Bioconductor官网查询，有各种GPL对应的R包的名称，找到对应关系之后直接在R中安装相应R包
方法二：通过检索platformMap.txt
platformMap.txt这个文件通过检索引擎直接搜索就可以在各个网站上下载。这里我在公众号后台也专门提供了这个文件的下载方式，后台回复“PM"即可直接获取下载链接。
platformMap.txt是某位大神整理的，里面包含了各种GPL与其对应的R包，我们可以从这个文件中检索到我们需要用到的R包是什么。
使用方法：
#先用R读取platformMap.txt文件
platformMap <- platformMap <- data.table::fread( "C:/Users/Luotianyu/Documents/platformMap.txt", data.table = F)
#数据储存在文件的bioc_package这一列中
paste0(platformMap$bioc_package[grep(index, platformMap$gpl)], ".db")不过这个方法有个缺点，就是这个文件最后更新的日期是在2020年，不知道以后还会不会有更新，如果未及时更新，可能有些GPL对应的R包在这个文件中无法收录到。
（2）安装R包
#安装R包，可以直接安装，这里用了判断
if(!requireNamespace("hugene10sttranscriptcluster.db")){
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
BiocManager::install("hugene10sttranscriptcluster.db",update = F,ask = F)
}
#加载R包
library(hugene10sttranscriptcluster.db)安装R包备用方法：在搜索引擎上搜索R包名称（如hugene10sttranscriptcluster）加“.db”，可找到下载方法。
2.进行注释
#查看有哪些对应关系
ls("hugene10sttranscriptcluster.db")
#获取探针和基因的对应关系：这是探针注释的关键步骤
probe2symbol <- toTable(get("hugene10sttranscriptclusterSYMBOL"))
#另一种写法：probe2symbol <- toTable(hgu133plus2SYMBOL)
#除了注释SYMBOl还能注释ENTREZID
probe2entrezid <- toTable(hgu133plus2ENTREZID)
#合并
probe2id <- merge(probe2symbol2, probe2entrezid, by="probe_id")
#看一下探针有多少个
length(unique(probe2symbol_df$probe_id)) #结果：19870个。
#看一下这么多行中，基因名称是否有重复
length(unique(probe2symbol_df$symbol)) #结果：18859行。
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2022-12-25，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
目录
腾讯云开发者
