pavian结果可视化

生信喵实验柴

发布于 2023-02-24 13:14:29

1K0

发布于 2023-02-24 13:14:29

一、Pavian简介

pavian 是一款基于 shinny 的 R 包，可以生成交互式的网页结果。也可以使用在线版本的pavian。支持 kraken，metaphlan 格式结果。如果要利用pavian 可视化 centrifuge 结果，需要首先将其转换为 kraken 格式结果。

github 主页：https://github.com/fbreitwieser/pavian
在线工具：https://fbreitwieser.shinyapps.io/pavian/

centrifuge-kreport 结果转换：

对 centrifuge 生成的 reads 统计的结果 centrifuge_output.tsv 进行重新计算。

#转换格式
centrifuge-kreport -x centrifuge_h+p+v_20200318/hpv report.tsv --min-length 100 >kraken.tsv

library(devtools)
#下载安装包
# https://codeload.github.com/fbreitwieser/shinyFileTree/zip/refs/heads/master
# https://codeload.github.com/fbreitwieser/sankeyD3/zip/refs/heads/master
# https://codeload.github.com/fbreitwieser/pavian/zip/refs/heads/master
install_local("/home/xhs/Rpack/download/sankeyD3-master.zip")
install_local("/home/xhs/Rpack/download/shinyFileTree-master.zip")
install_local("/home/xhs/Rpack/download/pavian-master.zip")

二、桑基图

桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因 1898 年 Matthew Henry Phineas Riall Sankey 绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。

桑基图主要有边、流量和支点组成，其中边代表了流动的数据，流量代表了流动数据的具体数值，节点代表了不同的分类，边的宽度与流量成比例的显示，边越宽，数值越大。