Kneaddata数据质控

生信喵实验柴

发布于 2023-02-24 13:16:10

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发布于 2023-02-24 13:16:10

文章被收录于专栏：生信喵实验柴

一、下载案例数据

网址：

https://github.com/biobakery/biobakery

案例文章：

https://www.nature.com/articles/nature11234

该案例来自 HMP 计划，选取 10 个口腔黏膜（buccal mucosa）样品和 10 个舌头背面（ tongue dorsum）样品进行比较分析。

#/share/home/xiehs/17.meta/data/hmp

buccal_mucosa_samples="SRS013506 SRS015374 SRS015646 SRS017687 SRS019221 SRS019329 SRS020336 SRS022145 SRS022532 SRS045049"
for s in ${buccal_mucosa_samples}
do
    wget http://downloads.hmpdacc.org/data/Illumina/buccal_mucosa/${s}.tar.bz2 -O input/${s}.tar.bz2
done
tongue_dorsum_samples="SRS011243 SRS013234 SRS014888 SRS015941 SRS016086 SRS016342 SRS017713 SRS019219 SRS019327 SRS043663"
for s in ${tongue_dorsum_samples}
do
    wget http://downloads.hmpdacc.org/data/Illumina/tongue_dorsum/${s}.tar.bz2 -O input/${s}.tar.bz2
done
#解压
cd input
id="SRS013506 SRS015374 SRS015646 SRS017687 SRS019221 SRS019329 SRS020336 SRS022145 SRS022532 SRS045049 SRS011243 SRS013234 SRS014888 SRS015941 SRS016086 SRS016342 SRS017713 SRS019219 SRS019327 SRS043663"
for s in ${id}
do
    tar -jxvf ${s}.tar.bz2
done

vi matadata.txt
#写进如下内容
ID  type
SRS013506   BM
SRS015374   BM
SRS015646   BM
SRS017687   BM
SRS019221   BM
SRS019329   BM
SRS020336   BM
SRS022145   BM
SRS022532   BM
SRS045049   BM
SRS011243   TD
SRS013234   TD
SRS014888   TD
SRS015941   TD
SRS016086   TD
SRS016342   TD
SRS017713   TD
SRS019219   TD
SRS019327   TD
SRS043663   TD

二、KneadData 数据质控

kneaddata 是一个数据质控过滤流程，软件整合了 fastqc 质控，trimmomatic 数据过滤，bowtie2 比对数据库过滤宿主等功能。输入原始数据，即可得到处理好的 cleandata，直接用于后面的分析。默认集成人，小鼠，rRNA 等数据库。如果是其他宿主，可以自行建库。

文档：

https://github.com/biobakery/kneaddata

conda activate biobakery
vi kneadata.sh #编辑如下内容进脚本
kneaddata  -i1 /share/home/xiehs/17.meta/data/hmp/input/SRS011243/SRS011243.denovo_duplicates_marked.trimmed.1.fastq \
    -i2 /share/home/xiehs/17.meta/data/hmp/input/SRS011243/SRS011243.denovo_duplicates_marked.trimmed.2.fastq \
    -db /share/home/xiehs/17.meta/database/kneadData_databases/human_genome_bowtie2/Homo_sapiens \
    -o kneaddata_output --remove-intermediate-output -v -t 12 \
    --trimmomatic /share/home/xiehs/Software/miniconda3/envs/biobakery/share/trimmomatic/ --trimmomatic-options \
    'ILLUMINACLIP:/share/home/xiehs/Software/miniconda3/envs/biobakery/share/trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:40:15 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50' \
    --reorder --bowtie2-options '--very-sensitive --dovetail' --run-fastqc-start --run-fastqc-end
#集群命令
#bsub -q fat -n 12 -o %J.log -e %J.err sh kneadata.sh
#没有的话就nohup sh执行到后台
nohup sh kneadata.sh &

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