上期介绍了刚刚更新的AnimalTFDB v4.0
数据库,不仅收录的转录因子非常全面,而且同时提供了检索转录因子的强大工具,可以通过转录因子家族和物种进行List检索。😘
本期我们介绍一下其他检索方法,以及如何预测转录因子
和转录因子结合位点
。🧐
1️⃣ 点击Search
进入检索界面。
2️⃣ 这里我们可以通过基础信息进行检索。
3️⃣ 大家可以输入Ensembl ID
,Entrez ID
或者Gene Symbol
等进行查找。
4️⃣ 提交后会出现检索结果,大家可以点击export
导出到本地使用,格式为.tsv
。
1️⃣ 大家也可以通过mRNA/protein
表达进行检索,这里收录了TCGA
, GTEX
,EBI Cellline
等表达数据。🥳
2️⃣ 这里可以选择你需要的数据集。比如LUSC (Lung Squamous Cell Carcinoma)
。🔍
Note! 这里的表达数据只有人的,如果你需要检索别的物种,还是需要通过之前介绍的方法检索。😅
3️⃣ 同样的,提交后会出现检索结果,大家可以点击export
导出到本地使用,格式为.tsv
。🧐
在Input list
中输入你要检索的Ensembl ID
,Entrez ID
或者Gene Symbol
等进行批量查找吧。👀
另一个比较重要的功能就是转录因子预测,这里我们点击Predict TF
进行预测,在Input
中输入你的蛋白序列,就可以得到结果啦。😁
有时候我们拿到一段序列希望知道,有哪些潜在转录因子以及他们的结合位点在哪里,这个时候我们就可以用这个工具了,在Input
中输入FASTA
格式的序列后,就可以得到结果啦。👇
Note! 这里的数据是整合了TRANSFAC
, JASPAR
, HOCOMOCO
, CIS-BP
hTFtarget
和MEME
等数据库进行的比对。
有时候大家检索一通也没有找到你的转录因子,那么你的转录因子可能被研究的比较少,这个时候你可以使用Blast
工具进行比对。🥲
本次更新还有一些新的功能,如翻译后修饰
,变异及突变
,自噬调节
等。这里我们做一个简单的介绍,以下以转录因子FOXO3
为例:👇
🌟 如何引用:👇
Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907
最后祝大家早日不卷!~