Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装

# 新建Juice目录
mkdir juicer && cd juicer

# 新建参考基因组相关文件目录
mkdir references 

# 新建样本的序列文件和分析结果目录
mkdir work  

# 新建参考基因组酶切图谱目录
mkdir restriction_sites  

# 新建conda 环境安装
conda create -n juicer -c bioconda bwa -y

# 激活环境
conda activate jucier

# 构建scripts链接
ln -s juicer/CPU scripts  
# scripts 应该在juicer目录下

# 切换目录
cd scripts/common

# 下载 juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar
wget -c https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar

# 创建符号链接
ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar  juicer_tools.jar

# 基因组放在jucier/reference 目录下
bwa index genome.fa

# 需要将 DpnII 换为 测序过程使用的酶
# genome 替换为 基因组的名字
python /home/juicer/misc/generate_site_positions.py DpnII genome /home/juicer/references/genome.fa

# genome_DpnII.txt 文件由上一步生成
awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $NF}'  genome_DpnII.txt > genome.chrom.sizes

# juicer/work 文件夹下创建fastq文件夹存放fastq文件
mkdir fastq

# 文件名称需要整理如下格式
work
    └── fastq
        ├── Sample1_R1.fastq.gz 
        ├── Sample1_R2.fastq.gz 
        ├── Sample2_R1.fastq.gz 
        ├── Sample2_R2.fastq.gz 
        ├── Sample3_R1.fastq.gz 
        └── Sample3_R2.fastq.gz 

# nohup 命令会将程序挂在后台运行
nohup /home/juicer/scripts/juicer.sh \
-z /home/juicer/references/genome.fa \
-p /home/juicer/restriction_sites/genome.chrom.sizes \
-y /home/juicer/restriction_sites/genome_DpnII.txt \
-s DpnII \
-d /home/juicer/work/ \
-D /home/juicer \
-t 40 > log.txt

# -z参数指定参考基因组fasta所在路径，在该路径下必须同时存在对应的bwa索引
# -p参数指定染色体长度文件；
# -y指定基因组酶切图谱的路径；
# -d指定样本原始文件存放的路径；
# -D指定软件的安装路径，
# -t指定bwa比对使用的线程数，默认是使用全部线程。