BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated

生信技能树

发布于 2023-02-27 21:14:13

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BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated; no internet connection

前言

最近因为需要安装ChIPseeker这个R包，需要使用BiocManager进行安装。过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来，轻轻松松。但是最近好像知识更新的有点快了，装个R包居然遇到了很多困难。

这里简单记录下。

1. 报错内容

这次的报错主要是：

Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?  See #troubleshooting section in vignette

2. 解决方案

在安装前运行一句代码：

options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)

这个是设置了：让Bioconductor通过联网去验证版本。

然后再安装R包即可。

3. 安装R包模板

这里顺便记录下相关的代码。

3.1 镜像设置

# 镜像设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

3.2 下载方式设置

options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

3.3 安装R包

package=c("ggplot2", "BiocManager")
for (pkg in package) {
  if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
    install.packages(pkg)
  }
}

options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=T)
bioc_package = c('ChIPQC','ChIPseeker','DiffBind','clusterProfiler','AnnotationDbi','TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene','org.Hs.eg.db')
for (pkg in bioc_package) {
  if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
  }
}

4. 永久保存镜像设置

为了更方便的安装R包，不用每次都进行设置。R软件其实有一个配置文件，以我的电脑为例：

R版本：4.2.1
R的安装地址：C:\Program Files\R\R-4.2.1

这样的话，其对应的配置文件地址就在：C:\Program Files\R\R-4.2.1\etc\Rprofile.site

我们用记事本打开这个文件，然后在文件最后添加以下代码：

## 设置镜像
local({r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
     options(repos=r)}
     )
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)

## 设置下载方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

这样以后我们一旦打开R软件，这些代码就会自动运行一次，我们就可以愉快的安装R包了。