VAG:图形化泛基因组中 reads 比对和路径导航的可视化工具

测序技术和生物信息学的进步推动了基因组学研究。最近，基于图的泛基因组作为线性泛基因组表示（从头和迭代泛基因组）的替代品出现。基于图的泛基因组整合了泛基因组序列和变异信息，显示结构变异。

尽管图泛基因组在促进识别和定位重要变异方面提供了更多潜力，但由于缺乏可用的工具来可视化结构变异和理解图格式泛基因组上的读取比对，基于图的泛基因组的更广泛应用仍然受到限制。就比如在图泛基因组的研究中，似乎并没有找到类似IGV那种，在图泛基因组中看read比对的基因组浏览器。

因此，我们团队决定自己做一个，VAG就因此诞生了（https://github.com/lipingfangs/VAG）！VAG是一个新的生物信息学平台，基于图的泛基因组数据集上，通过允许更快和直观地可视化read比对来增强科学界对复杂的基于图的泛基因组的理解。

VAG的主要功能如下：

图泛基因组浏览器

这是一个以图形泛基因组作为参考的基因组比对的浏览器，提供从区间提取，到read比对，read coverage，区间(基因/TE)注释，变异可视化等的一站式服务。另外VAG还支持利用Pair-end信息过滤图泛基因中False-Positive tracks or Segements（其实就是，提供了reliable比对区间的参考）。

群体水平PAV的可视化

针对现在比较多图形泛基因组都会做群体PAV的一个分型，VAG也提供了相应的功能，将群体间的PAV frequency（差异）展示在图形泛基因组中。比如下面水稻籼粳分化的一些分化位点的示例:

VAG可视化网站

为了让更多的同行或者做育种或者功能分析的朋友们，更加简单直接的使用我们的工具，我们也顺手（花大力气）也做了一个的用户友好型的web-sever（https://ricegenomichjx.xiaomy.net/VAG/sequenceextraction.php）。只需通过上传文件+点点点点就可以完成相关的可视化操作。

如果您在使用中有任何问题或意见，欢迎与作者联系(fangping.li@scau.edu.cn)，我们会及时回复!

该工作由华南农业大学联合广东省农业科学院水稻所分子育种团队完成，如果您的研究使用了我们的工具，请引用论文: Visualization and review of reads alignment on the graphical pan-genome with VAG Fangping Li, Haifei Hu, Zitong Xiao, Jingming Wang, Jieying Liu, Deshu Zhao, Yu Fu, Yijun Wang, Xue Yuan, Suhong Bu, Xiaofan Zhou, Junliang Zhao, Shaokui Wang bioRxiv 2023.01.20.524849; doi: https://doi.org/10.1101/2023.01.20.524849,