建立一台云服务器
登陆https://cloud.tencent.com注册一个账号登陆这个账号充个值20元。具体操作如下1、
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这样你就有一台自己的服务器了
尝试与服务器第一次牵手
打开终端 输入ssh -q -l root -p 22 xxx.xxx.xxx.xxx 这里的xxx是服务器公网IP,下图中找到。然后输入你刚才登入的密码然后去试一试如下命令cd ..lsmkdir xxx这些命令的使用以及linux基本操作什么的问问度娘
第一:转录组mapping的软件推荐用STAR,原因:天下武功无快不破。我们购买的是时间计费的云服务器所以快就是省钱。第二:腾讯云的配置可以在后期更改,也就是说当你运算的时候再用那些高配置就可以啦!!!当你运算的时候再用那些高配置就可以啦!!!当你运算的时候再用那些高配置就可以啦!!!而当你
传输数据
的时候,完全可以用最低
那个配置去传输当然带宽需要调高10M
可以了。当你需要高内存的时候,再调高配置12核 48G
这样就可以了
经过实际测试,在你已经掌握linux基本操作的前提下,就是上面说的那几条命令。每个样本从上传开始到最后Bam文件以及Counts定量文件下载到本地一共
只要7元
。详细如下:一般PE150的数据压缩以后最多8G,上传的速度1M/s,所用时间为2小时
,低配置1元/小时,一共需要2元钱
。用STAR mapping,高配置运行需要45分钟
,高配置8元钱
Htseq-count做定量高配置5分钟
完成,不要钱
,其实STAR有一个命令可以直接输出counts数,这样这步也不要钱
。当然有人会问index还费时间呢,这个当然在作mapping之前你需要有建立好的index文件,用STAR建立需要40分钟
,这个成本会随着你使用次数增加而稀释,几乎不要钱
。然后做完一次项目云服务器点销毁,一定要点销毁,关机的话还会计费的,我被坑过,后来联系客服才知道。关于index还可以这样省钱
,你可以建立好index以后选择制作镜像,在同一地区购买的云服务器可以使用保存好的镜像,就跟系统还原一样每次重新建立的时候选择自定义镜像就好了。