如何随意截断ggplot2图像的y轴？

Chris生命科学小站

发布于 2023-02-28 19:48:13

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发布于 2023-02-28 19:48:13

gg.gap诞生记

“站长，小站工具qPCR在线分析功能非常好，但有些基因的表达量太高了，图做出来值非常大，能否想prism那样把y轴做个截断呢？”

面对的疑问，站长最开始并没有想到去开发一个R包解决。 ggplot2以及依赖它开发的包已经丰富，原以为在网络搜索一下肯定有解决方案，但谁曾想这样的需求真的没有找到完美的解决方案。为了完善这个看起来很平常的功能，站长决定亲自操刀去写个包。

路不平，大神助

一年的Coding经历，面对处理图形函数还是有点困难的。不管三七二一，画个草图先：

思路很简单，就是先按照y轴切，然后用cowplot去拼接。一顿野路子代码操作，beta版出来了：gg1gap和gg2gap这两个包只能完成bar图y轴切割，而截断数最多也就只能两段。

小站VIP群中的树神（微信ID:一棵树）精通R包制作，为了让野路子出来的代码更完善，拉上树神一起干，不仅实现截取多个截断，还可以对任意ggplot2对象进行截断，再不断测试修补bug之后，gg.gap终于在今天这个有意义的日子正式上线CRAN。大家可以通过下面的代码进行安装。

install.packages("gg.gap")

都能切什么图，切几段

理论上，ggplot2的图都能切，想切几段切几段。

以Bar图为例

切一段

切两段

切三段

切N段

切散点图

切折线图

切Boxplot+jitter

#install
install.packages("gg.gap")
data(mtcars)
library(ggplot2)
p<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
    geom_bar() +
    ggtitle("Number of Cars by Gear") +
    xlab("Gears")

#single segments and missing tick_width
gg.gap(plot=p,
       segments=c(5,10),
       ylim=c(0,50))
#tick_width can be one or more numbers
gg.gap(plot=p,
       segments=c(5,10),
       tick_width = c(1,10),
       ylim=c(0,50))
#segments list cantains more than one number vectors
gg.gap(plot=p,
       segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),
       tick_width = c(1,0.5,10),
       ylim=c(0,50))
#rel_heights can set the relative height for segments and segmented y-axis
gg.gap(plot=p,
       segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),
       tick_width = c(1,0.5,10),
       rel_heights=c(0.2,0,0.2,0,1),
       ylim=c(0,50))
#reversed y-axis
p<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
    geom_bar() +
    ggtitle("Number of Cars by Gear") +
    xlab("Gears")+
    scale_y_continuous(trans = 'reverse')
#single segments and missing tick_width
gg.gap(plot=p,
       segments=c(10,5),
       ylim=c(15,0))
#add.legend
library(ggplot2)
mtcars$gear <- factor(mtcars$gear)
bp <- ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
    geom_bar() +
    ggtitle("Number of Cars by Gear") +
    xlab("Gears")
gg.gap(plot = bp,
       ylim = c(0,16),
       segments = c(6,8))
add.legend(plot = bp,
           margin = c(top=1,right=1,bottom=1,left=460))

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原始发表：2019-10-06，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

boxplot