没想到一个在线qPCR工具这么火爆，再写个文字教程吧～

为何要做qPCR在线分析工具？

站长最近在整理实验数据，每次整理到qPCR数据的时候就很崩溃。

一般qPCR的结果都是机器自动生成的，配合机器自带的软件生成一个Bar图，然而这个Bar图，没有统计信息，更没有好看的配色。

想得到好看的图并加上统计信息，后期自己的处理是必不可少的。

站长之前的处理步骤是，Copy原始的Ct值到Excel表中，用一些公式和函数得到结果，之后再用Prism 7去做图。

上面这个步骤是的确是可用的，并且也能够被大部分人接受。

但是，自从开发了网页工具，站长就总想着把过去繁琐的事情简单化、模块化，方便以后使用。

所以就想着把之前Excel处理qPCR数据的流程用R语言重新编译，用ggplot2对数据进行可视化，再用shiny进行交互与展示。

然而，这样一个标准化数据处理与展现流程，对于一个刚刚入门的人来说，真的没有那么容易。

坑很多，但站长爬上来了

因为有之前开发TCGA数据挖掘工具的经验，站长没想到这样已知计算公式搭建交互平台有这么困难。本以为一天搞定上线，结果搞了三天。

遇到很多坑，大致有以下几个方面：

1、调整符合数据统计的表格形式。

2、调整符合ggplot2可视化的表格形式。

3、从函数包到Shiny网页使用

从一个计算公式开始去实现一个交互功能的网页，让一个半路出家搞生信的人，深深的体会到了与高手的差距。

不过有这样的过程，查找问题和解决问题的同时，站长也掌握了新技能、巩固了旧知识。

教程

根据上面的视频教程，大家可以大致了解到工具使用流程。

现在这个版本，做了个小更新，加上了统计和分析结果。

下面是重点

有小伙伴遇到了一些情况，显示报错，最主要的原因就是输入表格。

上面这个表格是例子数据，在公众号回复qPCR就可以获得。

注意以下几点：

1、Group不要修改，位置和名称都不要修改。Group下面列出对照组和处理组的名字，在网页上填写对照组的名字即可。这里要说明一下，现在工具仅仅可以做到有一组对照，后期会上线多组对照的功能。

2、A12列也就是表格的第二列，要放参考基因，比如ACTB，GAPDH，U6等等，A12改成相应的基因名字，在网页工具上把这个名字输入到reference gene 那么那里。

3、每组数据至少应该有三个重复，有小伙伴说是否能去掉极端值，站长不建议直接去掉，从统计分析角度看，那样得到的结果也不准确，如果硬要去掉，站长建议填写另两个数值的平均值。