“散养”研究生的福音~科研之路必备工具~

小站工具地址赶紧收藏：

http://www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/

小站工具v2.8 更新报告

• 肿瘤中如何找个“靠谱”的基因做研究？
• 小站工具上一个版本已经将TCGA转录组数据接入，这样通过选择肿瘤就可以知道哪些基因相对于正常组织高表达或低表达。而且可以通过小站工具直接做一个火山图出来（TCGA转录组分析网站，查询某肿瘤中高/表达的基因，顺便做个火山图！还可以分析GSEA+生存期图+ROC！赶紧收藏！）
• 一般来说，相对于正常组织高表达的基因，被认为对肿瘤发生有促进作用（严谨一些还要根据基因组突变等信息去综合判断）。然而TCGA数据并不是所有肿瘤中都含有正常组织，这样一些小伙伴就要哭泣了。
• 除了基因表达量之外，TCGA还有一大部分有价值的信息——预后时间与状态。我们可以通过单因素COX去研究某个基因的表达与肿瘤预后的关系。
• 如果HR大于1可以认为这个基因对于肿瘤预后来说是个不好的因素。如果HR在0-1之间则认为是个好因素。今天更新的就是这个功能。
• 没有错！小站工具已经接入TCGA生存期信息，并且已经批量做完了单基因COX分析。通过网站工具交互，大家就可以得到下面这两个图。

• 使用教程：只需三步
• 第一步：
• 输入网址：http://www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/
• 左侧菜单栏选择：SurR_Plot
• 第二步：勾选FromTCGAsurDATA，下拉菜单选择自己研究的肿瘤。
• 大概5-8秒（乳腺癌可能会10秒），右侧就会蹦出表格。大家可以通过画圈的地方进行筛选等操作。选择这个数据我翻到第二页选择的第一个（随机选的），那个表的右侧还有列，可以通过滑动表格查看。

• 大家看到的图颜色与上面的图片会有差别，大家可以在Colors Palettes for You中选择自己喜欢的。

• 小结：
• 只需三步，30秒！你就可以从中选择一个表达量与临床预后相关的基因。
• 这一点对于像站长这样的临床医生来说更有意义。
• 一个基因没有临床意义，如果硬着头皮去研究，就算表型明显，机制花哨，最后也一定会遇到各种大坑，怎么填也填不完。这一点曾经让站长痛不欲生～
• 所以这个工具至少在开题的时候，可以给大家一个定心丸，至少有这两张图，你可以放心去筛临床样本，结果契合，那么在往下做一定会有很好的结果

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