能用鼠标解决的事,绝对不用代码!
Easy Tools v1.3 可以满足你的要求,下面网址是工具入口:
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/
火山图的使用方法:
一、输入的表格要求:
1、格式为csv!!!
至少要有三列:分别是
基因名(Gene Symbol),倍数(log2FlodChange),p值(padj),在右上那几个列名中分别填写自己表格中各列的名字。
二、如果geneID是ENSG,内置注释功能,点选Need Annotation输入ENSG列名。
1.3更新内容:
去掉了ployly渲染,那个渲染交互真的很好。但是有两个缺点一个是不能输出矢量pdf图,另外一个就是太卡了。所以站长舍弃了ployly,自己操刀实现了几个经常用到的交互功能。
1.火山图加上自己配色选项。之前站长精选配色依然可以选择,如果想自己DIY,请选择YouLike,然后在调色板选颜色,火山图会实时更新。
2.升级指示基因功能。可以实现单选多选,并与表格交互。你想选哪个基因,在右边表格点一下。左边图就会更新。
ps出现红色的提示不要担心,记得把Select Gene那个勾上。
3.优化输出。图片可以直出矢量pdf,不用担心图像因为页面大小变形,输出的pdf是正常的,这样在手机上也可以使用。
下面这个是使用视频教程。
One More Thing.......
配合AnnoE的功能,可以实现提取LncRNA后做火山图,具体操作看下面:
1.2更新内容:
如果想选某个基因,在2的位置勾选,在1的位置填写准确填写基因SYMBOL(如果不知道准确信息,可以到Geneinfo中去查询)
3的位置是下载火山图pdf的位置,图生成完点击就好!
当然这个工具还可以实现
1、基因信息查询
之前需要输入准确的基因名字,现在可以实现一丢丢模糊搜索:
不必记住全名,输入几个字母,就能返回结果,可以在下面列表查看结果。
如果是ENSG开头的,还是要输入准确的~
2、基因注释ENSG to gene name,这个来源可是TCGA,Xena,还有自己的测序结果。
3、可以注释EntrezID和提取LncRNA
以上注释结果都可以下载到本地。
这个工具是夸平台的,
手机,平板,电脑都可以,
只要在浏览器输入下面这个网址:
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/