如何选择测序类型
/ 常见测序类型的选择 /
测序（Sequencing）是一种实验技术，用来识别和确定 DNA 分子中碱基的顺序。不同的测序类型应该使用不同的方法来分析，最后的结果解读方式也会不同。在实际应用中，具体选择哪一种测序类型，由研究的科学目标、成本及实际限制来决定。例如，在临床应用上，对已知突变位点的检测是时间敏感的，即测序和分析越快越好，而群体的基础研究更侧重于挖掘新的变异。因此，测序类型的选择是成本和信息广度之间权衡的结果。
常见测序类型
类型 | 缩略词 | 描述 |
|---|---|---|
Whole Genome Sequencing | WGS | Characterizes the entire genome reading sequences from DNA |
Whole Exome Sequencing | WES, WXS | Characterizes the exonic, or coding, regions of the genome reading sequences from DNA |
Transcriptome Sequencing | WTS,RNA-seq | Characterizes the exonic regions that are actively expressed in the cell reading sequences from RNA |
Targeted Sequencing | Validation Capture, Valcap | Characterizes a chosen region from DNA, can be a coding or non-coding region. The region can be coding or non-coding and is typically focused, high-depth sequencing for validating variants |
ChIP seq | ChIP-seq | Characterizes any sequence the genomic locations where a protein interacts with DNA, both coding and non-coding |
ATAC sequencing | ATAC-seq | Characterizes any sequence where DNA does not interact with proteins or is "open", both coding and non-coding |
Hi-C | Hi-C | Characterizes the genomic locations where chromosomes come in close contact with each other. Typically used in characterizing 3D interactions of DNA |
Single Cell Sequencing | scDNA-seq, scRNA-seq | DNA or RNA sequencing of individual cells, captures granularity at an individual cell level rather than a mixture of cells, can be coding or non-coding with lower coverage |
Whole Genome Sequencing （全基因组测序）
如果成本不是问题，全基因组测序 ( WGS ) 将成为检测基因组变异的标准方法。WGS 的优势是能够对 DNA 进行全面的测序，使研究人员能够检测指定样本的基因组中所有的变异。例如，在探索非编码区域的变化如何影响细胞时，在检测染色体发生的大区域变异（结构变异和拷贝数变异）时，都需要用到 WGS。除了成本较高之外，还有一个缺点就是检出的许多变异与疾病或研究问题没有相关性，因此需要仔细过滤掉这些无用的变异。当然，随着测序成本的逐年下降，WGS 除了被用于基础研究，也越来越多地用于其他领域了。
Whole Exome Sequencing（全外显子组测序）
全外显子组测序 ( WES ) 是从 DNA 中捕获已知基因的编码序列，是一种专注并具有成本效益的测序方法，可以来表征可能产生哪些蛋白质。WES 通常用于快速检测肿瘤样本中的突变，以便为个体量身定制治疗方案。由于检测范围有限，它在基础研究中不太常用。也有例外情况，如对于数千个样本的大规模群体研究，全基因组方法过于昂贵，则会选择全外显子测序。
Whole Transcriptome Sequencing （RNA-seq，全转录组测序）
全转录组测序（RNA-seq）是从细胞中捕获基因的 mRNA。RNA-seq 可以帮助研究人员了解在收集样本的时刻，样本细胞产生了哪些蛋白质。也可以使用 RNA-seq 去检测突变和自然变异，尤其是那些会造成蛋白质产物不同的变异（非同义突变）。此外，RNA-seq 的一个共同目标是量化基因的转录本，来了解基因在响应实验治疗、疾病或细胞发育变化时的表达情况。
Targeted Sequencing（靶向测序）
靶向测序或验证捕获测序 ( Valcap ) 是根据实验设计来捕获基因组中的特定区域。靶向测序通常用于成本和时间有限的情况下，可以在标准化测序流程中捕获重要的基因集（称为 gene panels）。当全基因组或全外显子组在特定区域获得的测序深度较小时，靶向测序可用于更深入地了解该区域。靶向测序也可以针对编码或非编码的突变检测进行定制。
来源: Introduction to Genomics for Engineers
(https://learngenomics.dev/)