GEO数据上传

1、创建账号 将数据上传到GEO数据库，首先要创建并登陆NCBI帐号， 然后进入提交的网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html 以高通量测序数据为例：

2.准备文件 点进去需要填写三个文件，分别为：Metadata spreadsheet、Processed data files、Raw data files。下面分别介绍每个文件如何填写。 下载Metadata spreadsheet表格

3.填写文件 Metadata spreadsheet提供了两个例子，每个填写的栏目都给出了提示和说明，也可以根据给出的示例进行填写：

image.png

4.数据上传 返回下载metadata示例的[网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html) 拉到最下面点击transfer files。

转到提交数据操作的网页

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submissionftp.html

数据上传给出了详细的步骤，step1给出了上传的位置。

在linux可以使用 lftp进行上传，上传的代码在上面example linux sessions已经给出，只需要自己将Folder_with_submission_files改成自己要上传数据的绝对路径的文件目录即可。

#conda安装lftp
conda install lftp
#下面的代码geo已给出，直接复制即可
lftp ftp://geoftp:xxx(用户名)@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/xxx(step1创建的路径名)
#Folder_with_submission_files为存放文件的路径
mirror -R Folder_with_submission_files

Mac或者windows电脑也可以通过FileZilla进行上传，点击上面example Mac/ Windows账号密码以及操作流程都提供了详细的说明,按步骤一步步来就好。