《The MIMIC Code Repository: Enabling reproducibility in critical care research》论文
代码库中常用的概念
在回顾性数据库中难以计算
目前MIMIC代码库中有:
SOFA计算方式不同,由于GCS评分定义不同
Sequential Organ Failure Assessment(SOFA), Logistic Organ Dysfunction system(LODS)
由于数据获取的限制,许多药物和确切的治疗时间无法得出,需要根据临床经验识别其他可替代的数据
sepsis定义有多种版本,这里给出了Angus 2001,Martin 2003,Iwashyna 2014三个版本
给出了4个版本
当数据和代码都公开可获取,提供一种研究可以被重现的框架,基于Rmd或notebook给出实例。
aline.ipynb
提取数据aline.Rmd
数据分析让研究人员和数据维护人员、临床人员共同提升代码
公开数据库的案例已经不少,为了让研究更加透明,也需要公开相应数据分析和数据处理的代码
concepts
folder.bash convert_bigquery_to_postgres.sh
postgres_make_concepts.sql
script in the postgres subfolder.mimic_derived
数据集里