conda、miniconda(推荐) 和 anaconda
通常服务器在国内的选择清华或者北外(搜conda清华)
打开之后往下翻,找到miniconda的下载地址:
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
无脑方式:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
重新激活环境
source ~/.bashrc
或者. ~/.bashrc
能够用conda -h
输出conda的帮助文档就说明安装成功啦!
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
查看配置镜像结果: 配置镜像完成后会在 ~/.condarc 文件中写入
以下内容
此处可以考虑手动删除掉defaults这个频道,因为它是官方频道,有的时候连接起来会很慢。
• sed -i ‘/defaults/d’ ~/.condarc
给新人的建议:不要往base环境里安装任何软件包
“蛇”(anaconda)就应该关在“笼子”(小环境)里
conda create -n rna
创建名为rna的conda小环境
-n: 指定环境名称
conda activate rna
启动rna这个conda小环境
conda deactivate
退出rna这个conda小环境
conda env list
或
conda info --env
列出已存在的小环境
创建环境:
conda create -n rna
创建环境时可以预先指定环境的依赖版本:
conda create -n py2 python=2.7
创建成功最后会出现 3 个 done
删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rna --all
如何重命名一个小环境呢?
先克隆一个新的,再删除掉旧的
conda create -n Python2
conda create -n py2 --clone Python2
conda remove -n Python2 --all
哪些软件可以用conda安装呢?
方法1: 网站查询
方法2: 关键词搜索
方法3:conda search xxx(最方便)
conda install <SOFTWARE>
conda可以一次安装多个软件,但是容易遇到报错
问题1:如何指定安装的软件的版本?在不指定版本的情况下,
conda 默认安装该软件的最新版。
如果要安装旧版本:
conda search fastqc
conda install fastqc=0.11.7
添加-y参数跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7
在实战中经常被问到:
学员: 萌老师!我安装了这个软件包但是调用不了是怎么回事?
萌老师:因为安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的!
三个特殊情况:
trim_galore
-> trim-galore
vep
-> ensembl-vep
sratoolkit
-> sra-tools
查看conda环境中已安装的软件基本用法:
conda list
查看当前环境所安装的软件
扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件
conda list fast*
2.查看指定的环境的软件
conda list -n rna
conda remove fastqc
想要删除特定环境下的特定软件,如何指定?
conda remove -n rna fastqc
不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作
同样,-y能够跳过确认执行的步骤
https://github.com/mamba-org/mamba
mamba并没有完全重新把conda重新写一遍,而是加速了其中的一些限速步骤
conda install mamba
除启动环境外(conda activate rna)
所有conda的命令都可以用mamba来代替
搜索软件
• mamba search fastqc
• mamba repoquery search fastqc
这个更快
安装软件
mamba install fastqc
mamba可以多线程地安装软件原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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