专家论道：AlphaFold 2「能」与「不能」| 机器之心知识站系列分享

在蛋白质结构预测领域，活跃着很多华人学者，机器之心知识站特推出「蛋白质结构预测系列技术直播」，聚焦领域前沿成果的同时，回顾蛋白质结构预测技术发展历程。欢迎关注并加入社区交流讨论！

这段时间来，DeepMind 在蛋白质结构预测领域公布的进展，无论是 AlphaFold 2 代码开源，还是预测人类蛋白质组并开源数据库，在业界和公众之间都引发了广泛的讨论。

但在「重大突破」「深远影响」等诸多形容词之后，作为从业者，有必要深入了解 AlphaFold 2 及相关结果究竟给我们带来了什么，DeepMind 团队有哪些地方值得借鉴，今后的计算生物学、结构生物学等相关研究路会怎么走。

由此，机器之心知识站特别策划在线 panel，以「AlphaFold 2 的『能』与『不能』」为主题，邀请五位领域专家共同探讨，带来专业视角精彩解读，议题包括：

1. AlphaFold 2 的本质创新点是什么？
2. 如何安装并使用 AlphaFold 2 代码及相关资源？算力有限怎么办？
3. 目前看 AlphaFold 2 还存在哪些局限？
4. 国内蛋白质结构预测处在怎样的水平？DeepMind 此举对国内团队的相关工作有怎样的影响？
5. AlphaFold 2 在算法上还有多大的优化空间？使用更小的算力和更少的训练数据取得相当或更高的精度，这种工作的价值有多大？

时间：2021 年 8 月 11 日星期三，20:30 - 22:00

主持：龚新奇，中国人民大学数学科学院教授

嘉宾（按姓氏笔画排列）：

• 卜东波，中科院计算所研究员
• 许锦波，芝加哥丰田计算技术研究所教授
• 杨建益，山东大学数学与交叉科学研究中心教授
• 龚海鹏，清华大学生命科学院副教授

主持人及嘉宾介绍

龚新奇，中国人民大学数学科学院教授

龚新奇，中国人民大学数学科学研究院教授、博士生导师，清华大学北京结构生物高精尖创新中心合作研究员，哈佛大学和 IBM 公司访问学者。研究生物信息学和机器学习方向的理论、方法和应用，已发表 SCI 论文 62 篇，被引 2200 多次，H 指数 22，发表期刊包括 Nature、Science 等。主持国家自然科学基金等 8 个科研项目。中国生物信息学会（筹）理事，中国运筹学会计算系统生物学分会理事，中国计算机学会高级会员、生物信息学专业委员，中国工业与应用数学学会数学生命科学专业委员会委员。

卜东波，中科院计算所研究员

卜东波，中科院计算所研究员，研究兴趣包括生物信息学（蛋白质结构预测、糖结构鉴定）、计算机算法，设计了直接从多序列联配学习残基间距离的新型神经网络架构CopulaNet，进而设计了蛋白质结构预测算法 ProFOLD（性能超过 AlphaFold，正努力赶超 AlphaFold 2）；设计了「组合优化技术与深度学习技术相结合」的蛋白质结构预测算法 FALCON，获国际竞赛 CASP-8 FM-Hard 类第三名；主持设计了中科院志愿计算平台 CAS@home，运行于全球 4000+ 台志愿计算 CPU 上，为生物学家提供高性能蛋白质结构预测服务。

许锦波，芝加哥丰田计算技术研究所教授

许锦波博士现任美国芝加哥丰田计算技术研究所教授，毕业于中国科学技术大学计算机系，中国科学院计算技术研究所和加拿大滑铁卢大学，并在美国麻省理工学院数学系和人工智能实验室从事博士后研究。研究兴趣包括人工智能和机器学习、优化算法和计算生物学。荣誉包括美国斯隆研究奖，美国自然科学基金早期职业奖，《PLoS Computational Biology》创新突破奖，国际计算生物学顶级会议 RECOMB 最佳论文奖和时间检验奖。他还是同行评议期刊《Bioinformatics》以及《Journal of Computational Biology》编委，2022 年在瑞典举行的诺贝尔论坛特邀嘉宾。

杨建益，山东大学数学与交叉科学研究中心教授

杨建益，山东大学数学与交叉科学研究中心教授。2011 年博士毕业于新加坡南洋理工大学，2015 -2021 年先后任南开大学副教授、教授，2021 年 7 月加入山东大学。研究方向包括蛋白质结构与功能预测、RNA 结构预测等，与 Yang Zhang 和 David Baker 等学者合作，成功开发了 I-TASSER 和 trRosetta 等著名结构预测算法，在 Nature Methods、PNAS 等期刊发表 SCI 论文 40 多篇，被 SCI 他引 5000 多次，5 篇论文入选 ESI 高被引论文。

龚海鹏，清华大学生命科学院副教授

龚海鹏博士 2006 年毕业于约翰·霍普金斯大学，获得分子生物物理学博士学位，随后在芝加哥大学生物化学与分子生物系从事博士后研究，2009 年 3 月加入清华大学生命科学学院，任结构生物学高精尖创新中心研究员。他的研究方向包括：用统计和计算的方法研究蛋白质折叠的热力学、动力学和机理，以及蛋白质去折叠态的结构特征；用分子动力学模拟研究生物大分子的动态和作用机理；从序列预测蛋白质和RNA的三维结构。

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直播地址：https://jmq.h5.xeknow.com/s/32z64S（点击阅读原文直达）

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