学习小组Day3笔记—linux环境下的软件安装

linux环境下的软件安装

在服务器上安装应用商店Miniconda

1.用命令-uname -a查看服务器linux版本

2.在清华镜像上复制miniconda对应版本链接

3.用weget指令 下载miniconda至服务器

安装miniconda

1.bash mini（Tab键补齐）

2.按提示输入（enter or yes）直至安装完成

3.激活很最要，要不然用不了！！！（指令source ~/.bashrc）

添加镜像

应用商城里的软件都在国外，直接下载比较慢。设置国内镜像后再下载软件就比较快了

• 使用中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

conda一些命令

conda list: 看这个环境下安装的包和版本

conda install 软件名 -y: 安装xx包

conda remove 软件名 -y：卸载XX包

conda env remove 环境名 : 删除环境

conda info --envs 或conda env list: 查看所有的conda环境

• 1.默认安装最新版本。
• 2.如果要指定版本号，可以conda install fastqc（包名）=0.11.7（版本号） -y

多个conda环境切换

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。

每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的

• 1.查看当前conda有哪些环境：conda info --envs或conda env list，带*为当前所处环境
• 2.创建新的环境：conda create -n 环境名 -n是--name的缩写
• 3.切换环境：conda activate yourEnv。root前面（）内是什么就是哪个conda环境中
• 4.退出conda环境：conda deactivate
• 5.再次激活某个conda环境：conda activate +环境名