Conda安装与使用

原创

用户10412487

发布于 2023-04-04 13:31:23

9340

发布于 2023-04-04 13:31:23

下载命令

wget -c +  网址 -c 是断点续传（没有下载完会接着下载，不会重新下载）

为什么要添加频道

·要收到对应的频道的信号才能看到该频道的节目

·要配置好conda的频道才能用conda安装该频道的软件

(base) Mar402 09:44:46 ~
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

创建独立小环境

· 不要往base环境里安装任何程序包，应该关在笼子里（小环境）

·不同软件的依赖会相互冲突

·方便项目管理（基因组、转录组..)

创建独立小环境的命令（pic1）

(base) Mar402 10:12:04 ~
$ conda create -n RNA #创建名为RNA的新环境
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##

  environment location: /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA
Proceed ([y]/n)?  #是否把RNA这个环境放在envs/这个文件下
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate RNA #激活RNA这个环境
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate 

(base) Mar402 10:18:42 ~
$ conda activate RNA   #激活RNA这个环境
(RNA) Mar402 10:19:35 ~
$ conda env list        #列出env下有什么环境 方法一
# conda environments:
#
base                     /trainee/Mar402/miniconda3
RNA                   *  /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA #*在哪，说明当前你在哪个环境

(RNA) Mar402 10:19:59 ~
$ conda info --env   #列出env下有什么环境 方法二
# conda environments:
#
base                     /trainee/Mar402/miniconda3
RNA                   *  /trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA

小环境的创、删、改（pic2）

软件安装

看安装哪些软件 pic3

安装了软件包掉用不了 pic4

查看已经安装的软件和删除软件 pic5

conda常用命令 pic6

安装软件的另一种方式：用yml文件安装

·导出当前环境：

·conda env export envname > env.yml （可跨平台，不同系统）

·conda list --explicit > env.txt （仅限相同平台）

·导入环境：

·conda env create --name <envname> --file env.yml

·conda env create --name <envname> --file env.txt

conda 常见问题以及解决方案看ppt

环境变量：用于储存有关shell会话和工作环境的系统变量 pic7

echo

1打印字符串 2打印变量的值，变量调用要加 $

修改命令配色

环境变量PATH pic8

新建PATH

一个命令能被执行的三个要素

当我们输入一个命令，之所以能全局地调用，有三个条件要满足:

1.这个命令的本体文件真实存在在服务器里

2.这个命令的本体文件有可执行的权限 pic9，有x（当作命令）的才可以执行

3.这个命令能被系统查找到(命令所在的路径在$PATH里有记录)

chmod +x tmp1 #给tmp1添加权限

生信软件安装-二进制【Binary】

·下载

·解压

·添加到PATH

步骤 pic a，b

源代码【source code】安装

·1.下载

·2.解压

·3.编译三部曲

·configure：检查系统，构建makefile

·make:编译

·make install: 安装

·4.添加到PATH

java编译的软件

ppt中有1000个常见的软件安装代码以及视频

彩蛋一个优雅地下载OA文献和附件的命令行工具

----来自生信技能树----

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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