阿榜的生信笔记2

哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?

这份思维导图可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦：

一、数据类型

①、数据类型分为三种：数值型、字符型、逻辑型

②、如果我们想要查看数据类型，我们可以使用class()函数：

③、数据类型判断和转换，如图所示：

大家可以动手试一试

④、我给大家再介绍下逻辑值数据运算符：

：大于、<：小于、<=：小于等于、>=：大于等于、==：是否等于、！=：不等于

大家可以根据下面图片试一试：

二、向量的生成：

向量生成有四种方法（不需要死记硬背，多操作几次即可）,如下面代码所展示：

#####2.1.向量生成

#(1)用 c() 结合到一起
c(2,5,6,2,9) 
c("a","f","md","b")
#(2)连续的数字用冒号“:” 
1:5
#(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()
rep("x",times = 3)  
seq(from = 3,to = 21,by = 3)
rnorm(n = 3)
#(4)通过组合,产生更为复杂的向量。
paste0(rep("x",times = 3),1:3)

注意：①、c()生成一组向量，故不可以用c作为变量名，以免与c()产生误解

②、通过这幅图片理解paste0()函数的原理：

提个小问题：大家知道paste0和paste有什么区别/联系吗？大家仔细阅读文章哦，等会大家就知道答案了

三、对一个向量进行操作：

①、向量赋值输出：

小技巧：规范的赋值符号 Alt+减号相当于=，有两种“赋值+输出一起实现”方式

#####2.2对单个向量进行的操作####
#(1)赋值给一个变量名
x = c(1,3,5,1) #随意的写法
x
x <- c(1,3,5,1) #规范的赋值符号 Alt+减号
x

#赋值+输出一起实现
x <- c(1,3,5,1);x
(x <- c(1,3,5,1))

②、向量简单计算：大家复制代码试试吧，看看会出现什么结果

#(2)简单数学计算
x+1
log(x)
sqrt(x)

③、赋值的x进行判断：

#(3)根据某条件进行判断,生成逻辑型向量
x>3
x==3

④、这是一些常见的函数，大家可以多实践操作几次就熟练了，不用死记硬背哦 

#(4)初级统计
max(x) #最大值
min(x) #最小值
mean(x) #均值
median(x) #中位数
var(x) #方差
sd(x) #标准差
sum(x) #总和

length(x) #长度
unique(x) #去重复
duplicated(x) #对应元素是否重复
table(x) #重复值统计
sort(x)
sort(x,decreasing = F)
sort(x,decreasing = T)

如图所示：

提个小问题：大家知道为什么输出结果是这样？

答案是R语言里面的默认思想：R语言里面默认sort()函数中的decreasing=FALSE,我们可以手动改成decreasing=TRUE,如图所示：

小技巧：我们以后可以用?+函数名查看帮助文档，这相当于我们会查R语言字典了

四、对两个向量进行操作

①、比较运算：

#####2.3.对两个向量进行的操作#####
x = c(1,3,5,1)
y = c(3,2,5,6)
#(1)比较运算，生成等长的逻辑向量
x == y 
y == x

②、两个向量的数学计算

#(2)数学计算
x + y

③、向量的链接

#(3)连接
paste(x,y,sep=",")

下面的图片是输出结果：大家发现了什么？对了！“paste0和paste有什么区别/联系吗？”问题的答案出现了！大家再观察下，后面我给大家详细解释：

④、paste与paste0的区别

#paste与paste0的区别
paste(x,y)

paste0(x,y)
paste(x,y,sep = "")

paste(x,y,sep = ",")

详细解释来啦：二者的区别在于： paste使用分隔符分隔每个字符串（变量），默认使用空格分隔符。而paste0则是直接将多个字符串（变量）拼接成一个字符串，没有分隔符。paste可以类比成绅士，默认懂得保持距离；paste0类比于渣男，喜欢无缝衔接。

两者的联系：当我们需要把几个字符串（或者变量）拼接成一个字符串时，可以使用R语言中的paste和paste0函数来完成，两者的区别在于是否使用分隔符。

⑤、循环补齐

#当两个向量长度不一致
x = c(1,3,5,6,2)
y = c(3,2,5)
x == y 

提个小问题：x有五个元素,y有三个元素，两者的长度不相等，为什么最后输出了5个值？

答案是：它们发生了循环补齐，如下图所示：

图片上的问题答案是几呢？聪明的你知道选B吧

小技巧：掌握了这个技巧，以后我们能更好的理解代码了

#利用循环补齐简化代码
paste0(rep("x",3),1:3)
paste0("x",1:3)

⑥、交集、并集、差集
#(4)交集、并集、差集
intersect(x,y)#交集
union(x,y)#并集
setdiff(x,y)###以x为主体，y进行参照，输出x的剩余部分
setdiff(y,x) ###以y为主体，x进行参照，输出y的剩余部分

x %in% y #x的每个元素在y中存在吗？
y %in% x #y的每个元素在x中存在吗？

注意：x %in% y #x的每个元素在y中存在吗？即以x为主体，检验x的每个元素在y中存在吗?

y %in% x #y的每个元素在x中存在吗？即以y为主体，检验y的每个元素在x中存在吗?

提一个小问题：x==y与x%in%y有区别吗？

大家观察下面的图片，发现了什么？

答案：对的，x==y是一一对应的，x%in%y是x遍历y的所有元素

今天学习了这么多知识，大家收获满满吧。下面这张记忆卡片帮助大家记忆：

大家再坚持坚持哦，还有几个知识点就结束了?

五、向量筛选(取子集)

#####2.4.向量筛选(取子集)#####

x <- 8:12
#根据逻辑值取子集
x[x == 10]
x[x < 12]
x[x %in% c(9,13)]
#根据位置取子集
x[4]
x[2:4]
x[c(1,5)]
x[-4]
x[-(2:4)]

①、根据逻辑值取子集

②、根据位置取子集

金句来了哦，大家多看看理解它：

六、向量的修改

####2.5.修改向量中的某个/某些元素：取子集+赋值
x
#改一个元素
x[4] <- 40
x
#改多个元素
x[c(1,5)] <- c(80,20)
x

提一个问题：为什么最后一个x的第四位是40而不是11？

我送大家一句名言：

答案自在其中，赋值了

七、简单向量作图

#### 2.6 简单向量作图
k1 = rnorm(12);k1
k2 = rep(c("a","b","c","d"),each = 3);k2
plot(k1)
boxplot(k1~k2) 

提一个问题:boxplot()是什么意思？大家比较下上面两个图就知道意思了，或者百度吧?

好的，以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭?

引用自生信技能树——小洁老师