阿榜的生信笔记4

哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?

这份思维导图可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦?：

一、函数

①、函数的定义：R语言中的函数是由一组指令构成的、可重复使用的代码块。它们接受输入参数、执行特定的操作，并返回一个输出结果。函数通常用来处理数据、计算统计指标、绘制图形等任务。

②、函数的组成：

1. 函数名称：定义函数的名称，以便程序能够调用它。
2. 输入参数：函数接受的输入值，可以是单个值，也可以是数据集，分为形式参数和实际参数。
3. 函数体：包含一组操作指令的代码块，它们执行特定的处理任务。
4. 输出结果：函数执行后返回的结果，可以是单个值，也可以是数据集。 函数定义的形式为： 函数名 <- function(参数1,参数2,...) { 函数体 } ，参数分为形式参数和实际参数。 如图所示：
   
   、写函数的函数
   
   是一个例子：

jimmy <- function(a,b,m = 2){
  (a+b)^m
}
jimmy(a = 1,b = 2)
jimmy(1,2)
jimmy(3,6)
jimmy(3,6,-2)

大家快去试试自己写出来的函数吧?

④、plot()函数

plot()函数最常用的参数是 x 与 y ，分别指定图形所需要的数据在 x 轴与 y 轴上的位置。

接下来这段代码涉及到了plot()函数的基本参数，有助于我们理解plot()和函数参数的意义

plot(x, y, type = "p", main = "Title", xlab = "X", ylab = "Y", ...)

• plot(x, y)：将x和y的值用散点图表示出来。
• type = "p"：用“p”参数来告诉plot函数绘制点图。
• main = "Title"：用“Title”参数来设置绘图的主标题。
• xlab = "X"：用“X”参数来设置x轴的标签。
• ylab = "Y"：用“Y”参数来设置y轴的标签。
• ...：用“...”参数来表示可能存在的其他参数。 下图是plot()函数可视化
  

par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列
#如果报错，把右下角画板拉大一点即可
x = c(2,5,6,2,9);plot(x)
x = seq(2,80,4);plot(x)
x = rnorm(10);plot(x)
x = iris$Sepal.Length;plot(x)

⑤、关于函数，大家不用考虑得太多哦

⑥、相同的代码，不同的数据，画出不同的图

iris,数字是内置数据，充当y轴，x轴是不同数据的位置（如1、2、3、4、5......）,col=iris,5是内置数据iris第五列有三个物种，因此可以当作三个数据集的颜色标志（映射，后面的笔记会讲到映射哦，大家关注后面的阿榜的生信笔记吧?）。

plot(iris[,1],col = iris[,5])
plot(iris[,2],col = iris[,5])
plot(iris[,3],col = iris[,5])
plot(iris[,4],col = iris[,5])

⑦、默认参数

不是所有的参数都要写到函数里面哦?

⑧、函数代替机械操作

jimmy <- function(i){
  plot(iris[,i],col=iris[,5])
}

jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)

二、R包

1、R包的介绍

下图回答了刚接触R语言新手的三个常见问题：

注意：我们的目的不是学会某个具体的包，而是找所有R包使用的规律

2、R包在哪里？我们到哪里获取R包？

获取R包的方法有三种：

①、CRAN网站 install.packages()

②、Bioconductor BiocManager::install()

③、github devtools::install_github(" / ") 重点：括号里写作者用户名加包名

④、R包的安装方法

如下图所示

# R包安装

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

install.packages("tidyr")
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名

中场喝碗心理鸡汤打打气，加油加油加油?✊?

⑤、快速下载R包选择适合的镜像

如何设置镜像呢？有两种方法哦?

# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
  
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

⑥、一定要记住R包加载失败的两种情况

注意：library()是检查是否安装成功的标志（重点）

如下图所示，我们可以用“::”调用R包里面的函数

⑦、常见的疑问

接下来的笔记以图为主，更容易让我们记住：

我们删除这个包，重新安装这个包

哇塞，大家能看到这里了，太厉害了吧???

阿榜祝大家生信学习顺利，越来越厉害??

接下来的知识点记忆卡片帮助大家梳理知识点和记忆

⑧、大家来感受下计算机语言的魅力吧：不是对的话，那就是错的?

# 分情况讨论

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

提个小问题：大家觉得选哪个选项？

先看看有没有Error，没有吧，那我们一起选A吧?

最后补充一个知识点就结束?：

我们可以知道R包里面有哪些函数，再通过?+函数()，能可以随心所欲地使用这个R包了

# 获取帮助
?sd

以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭?

引用自生信技能树——小洁老师