Jely's Note之生信入门class1

title: "Jely’s Note"

output: html_document

date: "2023-05-08"

本文引用自生信技能树

第一节上课体验：

上课的是小洁老师！非常温柔！很可爱！讲话非常活脱！

很容易上手，我是自己准备学c语言、Java，但是我对计算机语言都没有基础。我对代码非常感兴趣，第一节课学的都基础，非常容易吸收！

总体感觉十分不错，并且有兴趣！

今天的笔记如下：

一、学好生信的秘诀！

1.勤做记录、多记笔记、学好思维、勤复习！

2.耐心学基础、多练习、多思考！

3.要听话！练习和思考ppt上的内容！【要在接受这个体系知识的基础上去思考去创新去拓展】

二、课堂内容之：R语言与Rstudio

1.【解释】R语言的世界是关于函数与数据的世界=简单来说就是利用函数去处理数据。

【学习的好处】然而使用R语言与Rstudio最大的好处就是能批量处理数据和画图！突出批量处理的效率！

【我们需要了解的知识】什么是函数？数据要怎么组织？

【梳理正确观念】

文件在哪也很重要

代码正确也很重要

代码的顺序也很重要【从第一行开始运行&不能强行任意行运行】

代码报错了，不代表代码错了

可能文件没放对位置、包装错了、环境错了

处理报错，是数据分析的常态！

2.【最初了解Rstudio步骤】

最初学习的步骤：安装R包--读写文件--函数与数据有什么规则

【安装R包出现的问题】按照上课需要，安装了一些R包，而R包是需要install（安装）后，在console（控制台中）运行出来的，其中library（加载），经常会出现library出现提示或警告，很有可能是因为没有安装好！

3.【为什么学习R语言&Rstudio】

R语言相对于初学者来说更加容易

R语言是编程语言、软件、环境

作用是：数据处理、统计、可视化

优点是：开源、可扩展、简单有效

Rstudio【是在R语言背后运行的程序】

Rstudio是集成开发环境【是一种图形界面----对初学者友好、R语言中的“>”（大于号）是命令提示符号，只有在>后写代码才有用！看到>才能写代码】、图形界面、开源免费

三、课堂内容之：读懂Rstudio反馈的内容

1.读懂界面

左上角1.脚本编辑器【脚本：存放代码的编辑器】

左下角2.控制台【跑代码、文字运行结果】

右上角3.environment【对象/变量列表】&history【历史命令】

右下角4.文件、图片、帮助、包

2.在控制台console与系统进行交流使用

语言：代码----括号前面的字母、单词是函数；函数后面通常带括号，括号里放数值

比如【 abs()--abs代表绝对值 & loga()--log代表取对数】括号前的字母或单词都是函数

【abs（-5）=取负5的绝对值】运行快捷键是run运行的快捷键ctrl+enter

另外#（井号）=注释=说明文字，不会被运行、不会报错、只是作为说明文字比如

每一行代码都有#作为说明，其意义

·getwd（）查看路径、查看工作目录途径：

相对路径是你打开的工作目录

绝对路径是用getwd（）查出来

”..“工作目录上一级目录

“/”是下一级目录的意思

· read读取

· 留意代码里的error-----解决：报错时要看到最后一行的冒号：后的句子

【一行开始报错，后面都是报错，不可能成功。一步错步步错】

三、课堂内容之：建立工作目录【不要让文件 满天飞】

File--New project--New directory-new project

建立好后，只要没改路径

·保存R script【ctrl+shift+N】时就存在工作目录【已经建立的New project【working directory工作目录】】中

·未来保存文件都可存在工作目录中

·下次再使用project时，自己电脑文件夹中双击project【无需新建，可一直使用】

【运行时其他文件a时，a文件必须出现在工作目录中】

· （）内可用tap键，可直接看工作目录中所有文件

三、课堂内容之：Rstudio反馈是什么意思

1.直接输出结果

2.error报错【做错了，要去改】

3.警告warning【99%可忽略，等出错再说，第一反应忽略掉】

4.没有反应，出现>大于号，表示已经运行完成

5.除了2.error出现什么都是顺利的

6.遇到了卡顿都是正常，出现卡顿时console右上角出现红圈stop

【可重启或用任务处理器关闭】

7.>号的地方出现+，代表命令不完整

【解决方式：能补全时可补全/不能补全时在console中按esc键终止】

8.出现提示信息，可忽略！！没有error就可忽略！！

9.需要去看看提示信息，需要回答！必须回答，不然运行不了

10.找不到对象【object not found】，需要加引号

11.x（）函数x，出现could not find function x, 可以看x函数是否拼对。

12.true必须大写

13.unexpected代码错误的关键词，代码写错了。” ？“在哪错误就在那里

【中文括号与英文括号不一样】

14.error报错时，看报错内容，按照报错内容修改。读懂报错！并针对报错进行修改。

三、课堂内容之：数据类型和向量

从表格看数据类型

R语言中的数据，在data中

表格的形式：加粗的是行名和列名【固定位置，不可修改】

分三类：

数值型：

1.3 2

字符型：

“a” ’ a ‘ 成对！且要打引号

逻辑型：

true-T

false-F

NA-缺失值【未知】

class（）函数，判断什么内容放在括号内

class(T) 1 "logical"

class(0) 1 "numeric"

class("a") 1 "character"

R Markdown

第一节课运行的代码！

heatmap(volcano)

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.

When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

summary(cars)

##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

Including Plots

You can also embed plots, for example:

Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.