生信技能树学习笔记1

R Markdown

knitr::knit("")

转换为md文件

is.numeric("A") 

## [1] FALSE

##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE
as.numeric("4")

## [1] 4

第一讲：认识R

" > "在R语言中是命令提示符

()前面的单词是函数

getwd()

获取绝对路径

路径补充

文件在桌面上，不在工作目录下，怎样读取

绝对路径，换了电脑就读不成功

x1 = read.csv("C:/Users/win10/Desktop/x.csv")

相对路径，文件的相对位置正确，则可以读成功

x1 = read.csv("../x.csv")

把x.csv放进了工作目录下的test文件夹里

x1 = read.csv("test/x.csv")

把整个biotrainee换个位置或者发给别人，仍然可以读取成功

字符型数据："a",'b'

逻辑型数据：TRUE,FALSE,NA

数值型：1.3,2

class()

###判断数据类型

第二讲：数据类型

1. 逻辑型数据

与 &， 或 |，非 !，等于 ==，不等于 ！=

2. is族函数

is.numeric("A") 

## [1] FALSE

##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE

3. as族函数实现数据类型之间的转换

as.numeric("4")

## [1] 4

4

## [1] 4

##将其他数据转换成数值型数据

4. 数据结构

向量（一串数据，数据框中单独拿出一列是向量，视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）

数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）

矩阵

列表

4.1 向量的生成

c(2,3,15,5,7)

## [1]  2  3 15  5  7

c(1:9)

## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9

rep("x",times=3)

## [1] "x" "x" "x"

##有重复的用rep()，有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()
seq(from=3,to=21,by=3)

## [1]  3  6  9 12 15 18 21

paste0(rep("x",times=3),1:3)

## [1] "x1" "x2" "x3"

###paste0函数是把数据连在一起。连接函数

一个向量中有不同数据类型时有优先级

c(1,"a")

## [1] "1" "a"

c(TRUE,1)

## [1] 1 1

#C(FALSE,"a",TRUE)

变量名的取名规则：x_1,x.1,b1,A,a可用，x-1,2a,x 2,seq,c,巴拉巴拉不可用。

4.2 对单个向量进行操作

#简单计算
x<-c(1,3,5,6)
log(x)

## [1] 0.000000 1.098612 1.609438 1.791759

sort(x,decreasing=T)

## [1] 6 5 3 1

##默认从小到大，T会变成从大到小

常用函数：

x<-c(1,3,5,6)
var(x)#方差

## [1] 4.916667

sd(x)#标准差

## [1] 2.217356

length(x)#x长度

## [1] 4

unique(x)#去重复

## [1] 1 3 5 6

duplicated(x)#判断是否重复

## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE

table(x)#重复值统计

## x
## 1 3 5 6 
## 1 1 1 1

sort(x,decreasing=T)#排序##默认从小到大，T会变成从大到小

## [1] 6 5 3 1

4.3 对两个向量进行操作

在R语言中，paste和paste0都是用于连接（concatenate）字符串的函数。它们的区别如下：

paste()函数：将多个输入对象连接成一个字符串，并在每两个相邻的对象之间添加分隔符，默认为一个空格。例如，paste("a", "b", "c")返回值为 "a b c"。

paste0()函数：与paste()函数类似，但是不会在对象之间添加分隔符。例如，paste0("a", "b", "c")返回值为 "abc"。

因此，如果你需要在字符串之间添加分隔符，则使用paste()函数；如果你不需要添加分隔符，则使用paste0()函数可以使代码更简洁易读。

这里还有一些其他的区别：

paste函数可以接受多个参数，并将它们连接起来，而paste0只接受两个或多个参数。

paste函数的默认分隔符是空格，但是你可以使用sep参数来指定自己想要的分隔符。而paste0没有分隔符参数，始终不添加分隔符。

总之，paste()和paste0()函数的主要区别在于是否添加分隔符。

4.4 利用循环补齐简化代码

（1）等位运算

（2）向量长度不相等

以长的为主

paste0("student",seq(2,5,2))

## [1] "student2" "student4"

paste0(rep("student",times=7),seq(from=2,to=15,by=2))

## [1] "student2"  "student4"  "student6"  "student8"  "student10" "student12" "student14"

4.5 对向量取子集

按照逻辑值：中括号里是与x等长且一一对应的逻辑值向量，

按照位置：中括号里是由x的下标组成的向量。