Jely's Note之生信入门class2

title: "Jely's Note--Class Two"

date: "2023-05-10"

☺️Class Two?

引用自生信技能树

【小贴士】

1.课前运行中遇到了问题，关注重点信息就好

2.脚本是乱码，可以这么解决【如图】

点UTF-8点ok就完成啦！

3.说明.R文档与.Rproject两个文件的区别

.R的文件是脚本文件，是存放代码的文件【脚本中的内容可储存，下次打开还可存在】

.Rproj快捷方式，是打开工作目录的快捷方式

【课堂内容一】

一：数值类型与应用

1.数值型--基因表达量

2.字符型--以后可用于筛选基因名称

3.逻辑型--用于比较运算的结果【可用于筛选代码的条件语句】

如<、>、>=、<=,==【是否相等】!=【是否不相等】

eg.3==5 F、3！=4 T

【用法】

1.用函数返回结果是逻辑值【记录种类】

可以运用逻辑运算，当有多个逻辑条件的连接可用&与|或！非

eg.！（4>5）T

【数据类型判断与转换-（辅助）判断数据类型的函数是class（）】

1. is族函数可用于判断函数类型，其返回值是T/F；is=是否； 举例：>is.numeric("a") 1F ； >is.numeric("4")--F 【其中注意：数值型数据带“”就是字符，就不是数值了；对于判断是否为数值型数据，返回值就是错的【“4”】-F】 【注意：R语言中的格式大于内容】

2.转换as族函数实现数据类型的转换【批量操作，可将错误的类型修改成正确的类型】

as.numeric()--转换为数值型

如：>as.numeric("4")--1 4

【尽量不要出现NA缺失值】

3.多个数据如何组织？如何学习其中的规则？

【拓展：R语言中的表格中的加粗的内容【123、表头名称】不属于表格内容，属于表格的属性】

3.1 数据结构：数据框、向量、矩阵、列表

3.1.1）数据框≈表格【每一列有要求→数据类型必须是统一的，只有一种数据类型；文件与数据有区别--文件是在电脑上真实存在的，数据框没有真实存在在电脑上，只有在R语言上才显示】

3.1.2）向量=一串数据，数据框中单独拿出来的数据，视为一个整体【可生成、转换向量】

特点：只能有一种数据类型【不允许混淆】，可有重复值

（1）向量的生成

（1.1）原始用法：用函数c（）将元素逐一放到一起

c(2,5,6,2,9)--1 2 5 6 2 9

【字符型必须带引号】

c("a","f","md","b")--同上连在一起

（1.2）需要批量向量生成等处理的时候：可以用for循环

也可以用“：”冒号连续的数字=连续的数字用冒号“:”

1:5--1 2 3 4 5

（1.3）常用函数：有重复的用rep()；有规律的序列用seq()；随机数用rnorm()

· rep("x",times = 3) 其中只有x与3属于变量【函数里的逗号=参数里的分割、细节补充参数】

当不清楚用法的时候可以用：>？rep 进行搜索，可以搜索函数及参数，可了解，可学习

· seq(from = 3,to = 21,by = 3)--等差数列

· rnorm(n = 3)--随机数函数=生成随机数 n=3，生成三个随机数

想了解其他赋值及限制，可用 >？rnorm 去搜索了解

（1.4）通过组合,产生更为复杂的向量。

常用函数从：paste0(rep("x",times = 3),1:3)，其中的逗号是分为两个参数x\x\x;1\2\3\

1 "x1" "x2" "x3"

用法说明：paste0=是一种函数=可以将元素一对一的连接在一起

paste与paste0有什么区别及联系？

paste函数内有“ ”空格存在，而paste0“”没有

4.转化优先数据！

数值型与字符型放在一起---字符型

逻辑型与字符型放在一起---字符型

逻辑型与数值型放在一起---数值型

一个向量只能有一种类型，就算写错了，也会帮你改正

4.1 对单个向量进行的操作

（1）赋值给一个变量【规范写法】<-无空格/【随意写法】=

赋值是赋值，输出是输出，是两码事

x=c(1,3)【不会出结果的】

x【这样就可以输出了】

（2）赋值+输出如何一起实现，可以用（）括起来

(x <- c(1,3,5,1))，可直接输出

x <- c(1,3,5,1); x，用分号；也可以

【注意：变量名称的取名须知：

1. c,"x"不建议
2. 数字开头不被允许，1x
3. 空格 与中划线-不被允许，x 1；x-1
4. 不建议中文 】

（3）批量计算可以用向量计算【省掉写循环的功夫】、还可进行逻辑比较

符号说明：=赋值，==是否等于

（3.1）对单个向量进行的操作【初级函数】&【能用函数运行，就不要人工取结果】

max(x) #最大值

min(x) #最小值

mean(x) #均值

median(x) #中位数

var(x) #方差

sd(x) #标准差

sum(x) #总和

-----以下是重点

length(x) #长度

x = c(1,3,5,1---1351是元素)

sort(x)#排序

default：从小到大的排序

？sort查看帮助文档

sort(x,decreasing降序否 = F升序)

sort(x,decreasing降序否= T降序)---指定参数

举例：

length（x）

【1】 4

unique(x) #去重复----从左往右消除第二次及以上出现的数

duplicated(x) #对应元素是否重复

没有重复F，第二次出现及多次出现为T

table(x) #重复值统计

统计那几个数值

出现了几次

（3.2）对两个向量进行的操作

先对x赋值、y赋值

(3.2.1)比较运算，生成等长的逻辑向量

(3.2.2)数学计算---等位运算

paste(x,y,sep = ",")

1 "1,3" "3,2" "5,5" "1,6"

paste(x,y)默认中间有空格

1 "1 3" "3 2" "5 5" "1 6"

paste0(x,y)

1 "13" "32" "55" "16"

paste(x,y,sep = "")空字符串

1 "13" "32" "55" "16"

paste(x,y,sep = ",")sep可用任何字符分隔

1 "1,3" "3,2" "5,5" "1,6"

1.而当两个向量长度不一致

x = c(1,3,5,6,2)---谁长就站着当标准，决定返回几个结果

y = c(3,2,5)3，2---循环补齐 x == y # 啊！warning！ 1 FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE

2.等位运算，长度不一致时，循环补齐可用来简化代码

paste0(rep("x",3),1:3)【times可省略】

1 "x1" "x2" "x3"

paste0("x",1:3)将x看成为1的向量 1 "x1" "x2" "x3"

paste0("student",seq(2,15,2))

3.取交集、并集、差集对两个向量的操作：

x = c(1,3,5,1)；y = c(3,2,5,6)

intersect(x,y)

1 3 5 2

union(x,y) 1 1 3 5 6 2

setdiff(x,y) 1 1 6

setdiff(y,x) numeric(0)

4.stdiff函数

5.重点！！-----%in%没有快捷键【以后可用于lncRNA】

x = c(1,3,5,1)；y = c(3,2,5,6)

x %in% y #x的每个元素在y中！存在！吗

1 FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE

只对x负责，只输出与x长度的结果，y多少个都无关

y %in% x #y的每个元素在x中存在吗 %in%【不是等位对应，而是全元素的对应--计算量更大】

【不同的工作量】

x==y，x和对应位置的y相等吗?【这是等位对应】

【写法注意：

x = c(1,3,5,1)，y = c(3,2,5,6)【不可以】

x = c(1,3,5,1)；y = c(3,2,5,6)【；才可以】】

6.长度只跟x相匹配。【中括号里要等长向量，且对应逻辑值的向量】

留下自己想要的要求的数值【取子集=中括号】

x=8：12

x==10

x中括号外是被取子集的向量x==10中括号内是与x长度相等的逻辑值向量-取的是true

xx==10括号内的内容是条件

xa:b取x中的a:b的值---xc(a,b)

· 根据位置取子集，-b，是其位置坐标，x-b---反选位于b的数字的内容，取除了b位置以外的数；

x=8:10; x2 9

x-2 8 10

取反是”！“

x = 8:12 x 1 8 9 10 11 12

x!x %in% c(9,13) 8 10 11 12

7.如何修改向量中的某个元素

x

1 8 9 10 11 12

#改一个元素 x4 <- 40 x 1 8 9 10 40 12

【R语言里的修改，都要赋值，没有赋值就没有发生过】

8.简单向量作图

k1 = rnorm(12);k1

plot(k1) 以下标为横坐标，以向量为纵坐标的图

下标=index位置信息=横坐标

k2 = rep(c("a","b","c","d"),each = 3);k2

1 "a" "a" "a" "b" "b" "b" "c" "c" "c" "d" "d" "d"

boxplot(k1~k2)

k1为纵坐标、k2为横坐标

括号内是数据