Jely's Note之生信入门class4

class 4

#本文引用自生信技能树

一、课前导言

【R语言的版本99%的情况下没有问题，最后才应考虑是他的问题】

【R语言报错让你选择时，先选否定的答案，如果还不行，就该yes就yes；而

linux报错时有选择则应该优先选yes就yes】

【装R包的时候报错，有引号大概率就是包的名字】

【列表很多情况下不能传递数据，而热图只接受矩阵】

二、【练习题】

探索列表list取子集l[2]和l[[2]]的区别

区别是：

1.l[2] 返回的是列表 l 的第二个元素（注意，是一个长度为 1 的列表），而不是该元素所包含的对象。如果你想取出该元素所包含的对象，需要再加上一个 [[ ]]。

例如，如果有一个列表 l，其中包含三个向量 A、B、C，那么 l[2] 返回的是一个长度为 1 的列表，元素为 B 向量所在的子列表；而 l[[2]] 返回的则是 B 向量。

2.两个中括号是矩阵

l[[2]] 直接返回列表 l 的第二个元素所包含的对象，而不是一个长度为 1 的列表。这种方法相当于对列表 l 进行了一次单独的取值操作。因此，如果你想要取出具体的向量或数据框等对象，应该使用双括号操作符。

三、【讲课内容：函数和R包】

1.写函数

（1）形式参数与实际参数：seq（from=3，to=21，by=3）

· 括号前的英文单词=函数

· 括号内是函数的辖区，内有形式参数=from，to，by【熟悉后，对应位置参数顺序固定！=位置对应，变量名称不写也行】

· 数字是实际参数，可以修改的

（2）写函数的函数是function，function可定义函数

· 函数名称可随意定义，如jimmy

· 函数后赋值给function，function后先小括号【包含形式参数的默认值】小括号后接大括号【编写函数使用的代码】

【其中 形式参数，将用户给定的值带入函数得出结果】

eg.

> jimmy <- function(a,b,m = 2){

+ (a+b)^m}

> jimmy(a = 1,b = 2)

[1] 9

> jimmy(1,2)，顺序固定，可省略形式参数

[1] 9

> jimmy(3,6,-2)，m=-2

[1] 0.01234568

eg.

g=function(x){mean(x)+2*sd(x)}

g=(rnorm(10))

2.绘图函数plot()点状图：plot（x）需要数值型向量！！！

x = c(2,5,6,2,9);plot(x)：横坐标是坐标、纵坐标是x

x = seq(2,80,4);plot(x)：数据大了，看起来会有趋势

x = rnorm(10);plot(x)：随机数

x = iris$Sepal.Length;plot(x)

【plot（）是画图代码！用plot（）函数画图，对于x是如何生成的，如何赋值的无关！！】

plot(iris[,1],col = iris[,5])

iris按第一列数据来画图、iris第五列来分配颜色、col颜色！画图时很多东西都是默认

3.函数自定义【！当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环】

jimmy <- function(i){plot(iris[,i],col=iris[,5])}i为参数！

jimmy(1/2/3/4/5)相应的画出五张点状图

4.R包【找到R包的使用规则】

（1）是什么？ 多个函数的打包存放：包含函数、数据、帮助文件、描述文件

（2）为什么要装R包【不断在更新】具有特定的分析功能

5.R包使用规律

（1）R包在哪？及安装代码【怎么安装，就按什么网站来的】

· CRAN网站！用install.packages

eg.install.packages("tidyr")

· bioconductor网站！用BiocManager::install（）

eg.BiocManager::install("ggplot2")

·github用devtools::install_github（”括号里写作者用户名/加包名“）

eg.devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")

通用解决办法：试一试、搜一搜、问chatgtp

（2）R包的加载、打开方式一样：

最常用的是：library()、require()

eg.library(tidyr)

require(tidyr)

注意：library（）一旦报错就是没安装成功

可以将install要与library合用

当library（）不报错，才是安装成功

（3）怎么实现快速下载

# 清华镜像http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

# 中科大镜像

# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/

# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

【镜像与距离无关！！！为了加快访问速度！】

下载的方法

· 方法1【代码在脚本里】

· 方法2【每次使用都要运行，一次性的】

options("repos"=c(CRAN=""))

options(BioC_mirror="xxxx")

（4）R包的安装和使用的逻辑

函数存在于R 包内；电脑上没装这个包=不存在叫xxx的程序包

不报错不代表安装好了！直到library（）不报错为止！！！

（5）R包的使用逻辑

包名：：函数名可以快速调用里面的函数

（6）R包的使用场景

某流程代码中用到某些包

学绘图，用到ggplot2

别人的代码套自己的数据，报错不会改