Jely's Note之生信入门class5

class 5

#本文引用自生信技能树

一、判断R包的安装

1.电脑是否已经安装过此R包？

>as.logical(require())

if(!require())install.packages()----会返回：逻辑值！

F：电脑已经安装

T: 电脑没安装，并现在安装R包

【加！感叹号，可使结果变成逻辑值】

【小贴士！让warning闭嘴的操作：quietly=T】

【条件语句if（F）后面代码跳过、if（T）后面代码被执行】

【写代码的时候要有验证、检查的意识和能力】

2. R包如何使用

（1）---获取帮助

查看帮助文档：？+函数名称

【R语言有基础包，如base包】

（2）---找R包介绍页面（直接搜）

网页搜：limma package

【一般不需要】

（3）---列出一个包都有哪些函数

ls：列出当前环境的所有变量

>ls("package:stringr")前提：要先把R包加载成功，才能用ls列出来

列出一个包都有哪些函数或数据

3.R语言里的符号

（）--函数、赋值和输出、先运行

[]---向量、数据框、矩阵取子集

[[]]---列表取子集

$ 数据框取列，列表取子集

<- 赋值

= 赋值，连接形式参数与实际参数

== 判断是否相等

! 逻辑值的否定

{} 多行代码

：：包：：函数

4.认清函数和数据

· 只有数据才能被取子集！[]

· 两个中括号前取子集一般是从列表中提取！[[]]

· 而文件名称应该：1.在实际参数位置2.且在能识别文件名称的函数括号内3.带引号

5. 解决问题的正确姿势

（1）检查代码与环境

代码错误？环境问题？工作目录？重启？

重启（诡异的错误）：

1.session

2.Rstudio

3.电脑

（2）找不同：

比较数据：能正确运行的数据、出错的数据

异常值？重复值？非法输入？数据类型？数据结构？

非法输入：如颜色：鸡蛋

Inf：正无穷，-Inf：负无穷

NaN：非数字；NULL：

（3）搜索报错：

复制error信息，浏览器搜索

（4）有效提问：

前因、后果、目的

代码、数据、报错截图

做过的尝试

6.文件的读写

（1） 一般在读取时就赋值！----文件读取是R语言中的数据框来源

【变量名test--存在R语言内部=read.csv("文件名")】

【表格文件读入到R语言里，就得到了一个数据框，对数据框进行的任何修改都不会同步到表格文件】

（2）常见分隔符号：

逗号、空格、tab-制表符

逗号分隔文件：csv

以制表符为分隔文件：TSV

【通常用于读取txt格式：read.table()】

【通常用于读取csv格式：read.csv()】

· 直接读取如果失败，就需要指定一些参数

· class是判断R语言内部的数据是哪个数据类型？

失败有两种表现：1.报错2.意外结果

（3）将数据框导出，成为表格文件

csv格式：write.csv()

text格式：write.table()

注意：

！！读取-编辑修改-导出（不一样的数据名）

！！不要覆盖原文件

！！让代码可重复，数据可重现

不要使用excel会改基因名称！一切操作在r语言中进行

（4）R特有的数据保存格式：Rdata

Rdata：保存的是变量，不是表格文件

支持多个变量存到同一个Rdata

是R语言特有的数据存储格式，其他软件无法打开

· 相关命令：

save（）保存：save（test,...,file="文件名"）

load（）加载：load（“文件名”）

（5）文件的后缀

没有意义，文件内容不改变

（6）文件导出

write.文件类型（变量，file=）

（7）实站文件！！

1.输出文件、输入文件、输出的图片、保存的Rdata、

脚本和Rmd文件+Rproject

读取：surv变量=read.table("import/文件名)

2.分步骤

加载上一级的文件、相隔文件夹调用文件时！：用..来表示

load("../文件夹/文件名)

3.经典报错：

原因1：文件没有存放于工作目录下/拼写错误用Tab自动补齐

4.默认参数不适于你当前需要手动调整

（8）读取ex1.txt

ex1 <- read.table("ex1.txt")

1）列名变行！列名没有被正确识别！如header=F

解决办法：！看函数帮助文档！

read.table(file,header=F---表格中的第一行是否是列名！)

ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)

2）行名没有正确识别：row.names = 第几列是行名

ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F--有特殊字符不改！)

【数据框不允许重复的行名！会报错！先处理重复值，再设为行名！

read.csv("rod.csv",row.names = 1)

rod = read.csv("rod.csv")】

3）读取soft.txt【比table更好的读取：read.delim("")】

如果soft数据中间有空缺！R语言读文件时串列了怎么办！不报错！=哑巴地雷

连续两个分隔符=空列=一切看不见的东西都会被认为是！sep=""一个分隔符

soft <- read.table("soft.txt")

【X]soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T) #其实不对

有坑！

【√】soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\t")

4）soft 的行数列数是多少？列名是什么

dim(soft)---维度，统计多少行多少列

colnames(soft)-----列名

rownames（）-----行名

5）将soft导出为csv

write.csv(soft,file = "soft.csv")

6）将soft保存为Rdata并加载。

save(soft,file = "soft.Rdata")---保存

rm(list = ls())-----rm=ls清空环境

load(file = "soft.Rdata")-----不会保存后立刻加载

（9）读取时要经常检查！

用于读取/导出文件的R包

fread（）实现智能读取【data.table】

export（）导出【rio】

import_list---多个工作部的数据，引入