榕树集-GPT Can Read
前言：
前几天一个朋友给我看了一个类似的内容：
当然 python是一个很好的工具，学习一下无可厚非，我只是对某些生物医药的科研课程不感冒。
言归正传，我回头转念一想，之前用python爬pubmed的半月刊，每周一览不也差不多吗？
链接如下：
不过半月刊的内容后续还需要进行人工校对。
现在有了GPT，可以再更新一下，就有了今天的内容。
过程：
- 从PubMED中挑选了关键词为molecular docking ， protein design ， molecular dynaimcs ，CADD ， AIDD的前200篇文章。
- 时间：为2023/05/13-2023/05/20
- 选取影响因子大于7的文章，由GPT判断
- 总结摘要，由GPT翻译总结
- 判断前200篇文章是否属实关键词相关，由GPT判断
结论：
- 200篇中，经过GPT过滤剩下9篇内容
- 贵，免费的额度是18刀,我今天就出去了3刀
- 节省了人力，总结的还OK
结果：
Title:GS-SMD server for steered molecular dynamics of peptide substrates in the active site of the γ-secretase complex.
Journal:Nucleic acids research
First Author:Orzeł U
First Affiliation:Faculty of Chemistry, Biological and Chemical Research Centre, University of Warsaw, Warsaw, Poland.
Abstract:研究最近取得了进展，但是阿尔茨海默病的机制尚未完全了解。了解胜肽底物剪切和修剪的过程，可以帮助选择性地阻断γ-分泌酶（GS），以阻止淀粉样产物的过度生产。我们的GS-SMD服务器（https://gs-smd.biomodellab.eu/）可以切割和展开所有目前已知的GS底物（超过170种胜肽底物）。通过将底物序列编织到已知的GS复合物结构中，可以获得底物结构。这些仿真在隐性水膜环境中进行，因此速度较快，每个作业2-6小时，取决于计算模式（GS复合物的一部分或整个结构）。还可以在底物和GS中引入突变，并以恒定速度使任何部分底物拉动到任何方向。所获得的轨迹可以在交互式方式中可视化和分析。还可以使用相互作用频率分析比较多个仿真。 GS-SMD服务器可用于揭示底物展开的机制以及突变在此过程中的作用。
Title:SH2db, an information system for the SH2 domain.
Journal:Nucleic acids research
First Author:Bajusz D
First Affiliation:Medicinal Chemistry Research Group and National Laboratory for Drug Researchand Development, Research Centre for Natural Sciences, Magyar tudósok krt. 2, 1117 Budapest, Hungary.
Abstract:SH2db是一个综合性的结构数据库和网络服务器，专门用于 SH2 域结构。它实施了一个通用残基编号方案，以便提高不同 SH2 域的可比性，并为所有 120 个人类野生型 SH2 域序列及其 PDB 和 AlphaFold 结构提供基于结构的多序列比对。SH2db 可以从网上界面（http://sh2db.ttk.hu）搜索、浏览和下载这些序列和结构，并具有将多个结构准备成 Pymol 会话以及导出有关数据库内容的简单图表的功能。SH2db 希望能够帮助研究人员，成为 SH2 域相关研究的一站式服务。
Title:Structural Mass Spectrometry Probes the Inhibitor-Induced Allosteric Activation of CDK12/CDK13-Cyclin K Dissociation.
Journal:Journal of the American Chemical Society
First Author:Bai Y
First Affiliation:School of Pharmacy, China Medical University, Shenyang 110122, China.
Abstract:通过传统的表征工具很难实现对Cyclin-dependent kinases 12和13（CDK12和CDK13）有效抑制剂的理性设计和开发，这取决于对动态抑制结构的理解。在此，我们结合结构质谱（MS）方法的赖氨酸反应性分析（LRP）和原生质谱（nMS），系统探索CDK12/CDK13-Cyclin K（CycK）复合物在小分子抑制剂调控下的动态分子相互作用和整体蛋白组装。从LRP和nMS的互补结果中可以获得基本的结构见解，包括抑制剂结合位点、结合强度、界面分子细节和动态构象变化。我们发现抑制剂SR-4835结合可以大大降低CDK12/CDK13-CycK相互作用的稳定性，以一种不同寻常的跨越性活化方式活化激酶，从而为抑制激酶活性提供了新的选择。我们的结果强调了LRP结合nMS在分子水平上评估和合理设计有效的激酶抑制剂的巨大潜力。
Title:Targeting multidrug resistant Staphylococcus infections with bacterial histidine kinase inhibitors.
Journal:Chemical science
First Author:Espinasse A
First Affiliation:Department of Chemistry, University of Minnesota 225 Pleasant St. SE Minneapolis 55454 MN USA carlsone@umn.edu.
Abstract:细菌耐药性的出现，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），它们不能对当前的抗生素产生敏感性，这就要求开发新的方法和目标来应对这一日益增长的挑战。细菌的两组分系统（TCSs）在细菌对其不断变化的环境的适应性反应中发挥着重要作用。它们与抗生素抗性和细菌毒力有关，使得TCSs的蛋白质，组氨酸激酶和反应调节器，成为开发新型抗菌药物的吸引力。在这里，我们开发了一套基于顺丁烯二酰胺的化合物，并对模型组氨酸激酶HK853进行了体外和计算机模拟评估。然后，对最有效的引导物进行了评估，以确定它们能够降低MRSA的致病性和毒力，结果发现一种分子可以将甲氧西林耐药性S. aureus皮肤感染引起的病变大小降低65％，在小鼠模型中得到验证。
Title:Transcription activation by the resistance protein AlbA as a tool to evaluate derivatives of the antibiotic albicidin.
Journal:Chemical science
First Author:Kosol S
First Affiliation:Institut für Chemie, Technische Universität Berlin Strasse des 17. Juni 124 10623 Berlin Germany roderich.suessmuth@tu-berlin.de.
Abstract:这些单词的总结是：随着抗药性病原体致死感染数量的上升，迫切需要新的抗生素。理想情况下，新的抗生素应该能够逃避或克服现有的抗性机制。肽抗生素albicidin是一种具有抗菌活性和广谱活性的高效抗菌化合物，但也有几种已知的抗性机制。为了评估新的albicidin衍生物在抗药蛋白和转录调节因子AlbA存在下的有效性（AlbA是一种Klebsiella oxytoca中针对albicidin被发现的抗性机制），我们设计了一个转录记录仪测定试验。此外，通过筛选更短的albicidin片段，以及各种DNA结合者和旋转酶毒素，我们能够深入了解AlbA靶谱。我们分析了结合结构域AlbA突变对albicidin贮留和转录激活的影响，发现信号传导机制是复杂的，但可以被逃避。进一步证明了AlbA的高特异性，我们找到了能够避免抗性机制的逻辑设计的分子的线索。
Title:A self-assembled nanophotosensitizer targets lysosomes and induces lysosomal membrane permeabilization to enhance photodynamic therapy.
Journal:Chemical science
First Author:Li Y
First Affiliation:Department of Chemistry, The University of Chicago Chicago Illinois 60637 USA wenbinlin@uchicago.edu.
Abstract:我们报道了两性BDQ光敏剂自组装形成的靶向溶酶体的纳米光敏剂BDQ-NP，用于高效光动力治疗（PDT）。分子动力学模拟、活细胞成像和亚细胞共定位研究表明，BDQ牢固地包含在溶酶体脂质双层中，导致连续的溶酶体膜渗透性。照射后，BDQ-NP产生高水平的活性氧物质，破坏溶酶体和线粒体功能，导致异常高的细胞毒性。注射的BDQ-NP积聚在肿瘤中，在皮下结肠癌和正常骨盆乳腺肿瘤模型上获得出色的PDT疗效，没有引起系统性毒性。BDQ-NP介导的PDT还可以防止乳腺肿瘤转移至肺部。这项工作表明，两性和细胞器特异性光敏剂自组装纳米粒子提供了一种优异的策略来增强PDT。
Title:Analysis of the Dynamics of the Human Growth Hormone Secretagogue Receptor Reveals Insights into the Energy Landscape of the Molecule.
Journal:Angewandte Chemie (International ed. in English)
First Author:Smith AA
First Affiliation:University of Leipzig Faculty of Medicine: Universitat Leipzig Medizinische Fakultat, Institute of Medical Physics and Biophysics, GERMANY.
Abstract:GHSR是本研究的焦点，它能够结合28个残基的肽peptide ghrelin。尽管有GHSR不同激活状态的结构可用，但其内部动力学还没有深入研究。我们使用“探测器”分析长期分子动力学模拟轨迹，比较apo和ghrelin结合状态的动力学，从而产生特定时间尺度上的运动振幅差异。我们发现在细胞外回路2和跨膜螺旋5-7之间存在apo和ghrelin结合GHSR之间的动力学差异。GHSR组氨酸残基的核磁共振（NMR）显示这些区域的化学位移差异。我们评估ghrelin和GHSR之间的运动的特定时间尺度上的相关性，其中结合产生前8个ghrelin残基的高度相关性，但螺旋末端的相关性较低。最后，我们通过主成分分析研究GHSR在崎岖能量地形上的穿越。
Title:Optical properties of Li-patterned graphene via a self-assembling molecular network.
Journal:Physical chemistry chemical physics : PCCP
First Author:Abbasian H
First Affiliation:Engineering Physics Department, Polytechnique Montréal, Canada. hamed.abbasian@polymtl.ca.
Abstract:通过自组装网络把锂原子吸附在石墨烯表面，可以调节其电子性质，从而有利于各种应用。但是，锂原子在石墨烯表面的聚集趋势仍然是一个挑战。本文通过分子动力学计算验证了吸附的锂原子的稳定性。我们通过计算电子能量损失谱（EELS）来探索锂掺杂石墨烯的光学性质。我们证明，锂原子在石墨烯上的分布变化会导致EELS曲线中的不同峰值。
Title:Structure-Based Development of Isoform-Selective Inhibitors of Casein Kinase 1ε vs Casein Kinase 1δ.
Journal:Journal of medicinal chemistry
First Author:Choi JY
First Affiliation:Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, Scripps Florida, Jupiter, Florida 33458, United States.
Abstract:由于ATP结合位点的高度保守性，针对单个激酶同工酶进行特异性抑制是一项具有挑战性的任务。酪蛋白激酶1（CK1）δ和ε在催化结构域中具有97％的序列同源性。通过对CK1δ和CK1ε的X射线晶体结构进行比较，我们开发了一种高度CK1ε同工酶特异性抑制剂（SR-4133）。CK1δ-SR-4133共晶结构的X射线衍射表明，SR-4133萘基单元与CK1δ之间的静电表面不匹配，破坏了SR-4133与CK1δ的相互作用。相反，Asp-Phe-Gly片段（DFG）外位构象的疏水表面面积稳定了SR-4133在CK1ε的ATP结合口袋中的结合，从而实现了对CK1ε的选择性抑制。这些高效的CK1ε选择性试剂对膀胱癌细胞具有纳摩尔级的生长抑制作用，并能抑制T24细胞中4E-BP1的磷酸化，这是CK1ε的直接下游效应物。