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社区首页 >专栏 >生信星球 学习小组Day3笔记--Linux的软件安装 高小能

生信星球 学习小组Day3笔记--Linux的软件安装 高小能

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用户10633522
修改2023-06-29 09:27:51
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修改2023-06-29 09:27:51
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Conda — linux的软件管理专家

认识 Conda

Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器,两个版本:建议安装miniconda版

安装 Conda

  1. 浏览器搜索“miniconda 清华”,点击进入,下划找到 miniconda 网址
搜索
搜索
找到 miniconda 网址
找到 miniconda 网址
版本列表
版本列表
  1. 查看自己的服务器是多少位的:uname -a
查看服务器信息
查看服务器信息
  1. 在自己的服务器新建一个文件夹,专门存放软件 mkdir biosoft 进入文件夹 cd biosoft
  2. 右键最新版本的 miniconda 链接,复制链接,在服务器页面用 wget 命令➕链接 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh
    复制链接
    复制链接
    下载 miniconda
    下载 miniconda
  3. 安装 miniconda,ll命令能看到刚才下载的文件 输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装
安装
  1. 一直按 enter 键,直到出现下图,输入 yes,按enter,接着 enter
 接着 enter
接着 enter
yes
yes
成功!
成功!
  1. 最后还要激活source ~/.bashrc 然后输入conda,出现满屏信息,大功告成!
大功告成!
大功告成!

添加镜像

所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。

复制下边的代码,添加我们常用的镜像网站

代码语言:txt
复制
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
添加镜像
添加镜像

使用 conda

1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

查看软件列表
查看软件列表

2 安装软件,以fastqc软件为例, conda install fastqc -y (-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes)

默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本 如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y

安装过程
安装过程
安装完成
安装完成

3 确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help,出现大片文字,说明安装成功

帮助文档
帮助文档

4 卸载软件conda remove fastqc -y

因练习服务器比较弱,任务没有成功

卸载失败
卸载失败

5 添加环境

  • 先查看当前conda有哪些环境conda info --envs(前面带*的就是默认的),可以看到,我们目前就一个conda环境
查看环境
查看环境

比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的) conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y,这段代码可以创建一个新的 conda 环境,还能把fastqc、trimmomatic这两个软件安装在新的环境里。

创建新环境并下载完成软件
创建新环境并下载完成软件

创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,conda info --envs ,看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base

查看环境
查看环境

6 激活环境

conda activate rna-seq ,这时默认的*就会转移到rna-seq前面; 另外你会发现在用户名前面出现了(rna-seq)

激活环境
激活环境

输入trimmomatic会出现该软件的用法文档

7 退出环境conda deactivate,又回到了 base 环境

退出环境
退出环境

这次安装感觉还是很顺利的,但是也常常会出现各种 bug,大家一定利用好搜索功能,一般问题网上一般都会查到,不要气馁,问题总会解决,也祝大家在今后安装软件的时候大吉大利,BUG 全无!

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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    • 认识 Conda
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          • 这次安装感觉还是很顺利的,但是也常常会出现各种 bug,大家一定利用好搜索功能,一般问题网上一般都会查到,不要气馁,问题总会解决,也祝大家在今后安装软件的时候大吉大利,BUG 全无!
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