Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器,两个版本:建议安装miniconda版
uname -a
mkdir biosoft
进入文件夹 cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh
ll
命令能看到刚才下载的文件
输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
yes
,按enter,接着 entersource ~/.bashrc
然后输入conda
,出现满屏信息,大功告成!所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。
复制下边的代码,添加我们常用的镜像网站
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2 安装软件,以fastqc软件为例, conda install fastqc -y
(-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本 如果要指定版本号,可以
conda install fastqc=0.11.7 -y
3 确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help
,出现大片文字,说明安装成功
4 卸载软件conda remove fastqc -y
因练习服务器比较弱,任务没有成功
5 添加环境
conda info --envs
(前面带*的就是默认的),可以看到,我们目前就一个conda环境比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
,这段代码可以创建一个新的 conda 环境,还能把fastqc、trimmomatic这两个软件安装在新的环境里。
创建完之后,再次查看一下我们的conda环境,
conda info --envs
,看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base
6 激活环境
conda activate rna-seq
,这时默认的*就会转移到rna-seq前面; 另外你会发现在用户名前面出现了(rna-seq)
输入trimmomatic
会出现该软件的用法文档
7 退出环境conda deactivate
,又回到了 base 环境
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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