day3-linux环境下的软件安装-土

linux环境下的软件安装

软件管理Miniconda

搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

登录服务器，查看服务器是多少位：uname -a

在镜像网站中找到对应软件最新版本（last）

edge出错，chrome能正常查找，也可能是我电脑或软件版本问题

wget命令

wget 复制的链接 下载

粘贴不是ctrl+c和ctrl+V，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活miniconda

source ~/.bashrc

激活镜像

复制后粘贴，回车 使用中科大镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

查看服务器已安装软件

conda list

安装软件

conda install 软件名字 -y -y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes

conda install fastqc -y

确认软件是否安装成功

输入fastqc --help，查看帮助文档，若出现一大片文字，则安装成功

卸载软件

conda remove fastqc -y

conda环境

生信星球::生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。

每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？

--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

查看当前conda有哪些环境

就一个默认环境

建立新环境

例如：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

激活新的conda 环境

conda activate rna-seq

激活和退出conda 环境