生信学习小组

安装和加载R包

1.镜像设置

生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？

2.安装

联网

R包安装命令是install.packages(“包”)#安装的包存在于CRAN网站

BiocManager::install(“包”)#安装的包存在于Biocductor

存在于哪里？可以谷歌搜到。

3.加载

library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#第一行第二行配置镜像

install.packages("dplyr")#安装R包 `library(dplyr)#`加载函数

dplyr五个基础函数

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]#示例数据直接使用内置数据集iris的简化版1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选

(1)按列号筛选

select(test,1)select(test,c(1,5))

select(test,Sepal.Length)

)按列名筛选select(test, Petal.Length, Petal.Width)

vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width") select(test, one_of(vars))

3.filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")

filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )

filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序

arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise()：汇总

summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差

group_by(test, Species)# 先按照Species分组

summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))#计算每组Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个实用技能

1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）

2：count统计某列的unique值

count(test,Species)

dplyr处理关系数据